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标题: 14900K+4090 编译成功后显示没有OpenMP [打印本页]

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Author: ccccc123 时间: 2024-10-28 19:25
标题: 14900K+4090 编译成功后显示没有OpenMP
本帖最后由 ccccc123 于 2024-10-28 20:02 编辑

各位老师好，我的机器是14900K+4090，由于使用习惯，编译安装的gmx版本为2019.6
使用如下命令成功编译安装gromacs
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-12.4 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$gmxDir
（过程中出现cuda架构不兼容的问题均以成功解决），但是现在出现了个问题：
1：查看gmx安装详情时显示，OpenMP support:disabled，gmx安装包里不是自带OpenMP吗，为什么安装完显示没有OpenMP，之前我用相同的编译命令已成功在多台机器上成功安装，并没有这个问题。
2：这样安装下来的gmx效率比4080还要低，用的mdrun -ntmpi 32，请问是mdrun参数设置的问题，还是OpenMP没有安装成功的原因？

作者
Author: ccccc123 时间: 2024-10-28 19:26
@Entropy.S.I 老师百忙之中可否指点一下

作者
Author: snljty2 时间: 2024-10-28 19:44
Open MPI是MPI的一种实现，和OpenMP完全是两回事，一个是多进程并行模型一个是多线程并行模型，看清上面的提示。以及Gromacs并没有自带Open MPI。以及单GPU版本应该用OpenMP而不是thread-MPI跑吧。不知道你说的“使用习惯”是啥，新版本速度提升本来就可观，何况这么新的硬件，这么老的版本都没法针对性优化。

作者
Author: ccccc123 时间: 2024-10-28 19:58
本帖最后由 ccccc123 于 2024-10-28 20:02 编辑

snljty2 发表于 2024-10-28 19:44
Open MPI是MPI的一种实现，和OpenMP完全是两回事，一个是多进程并行模型一个是多线程并行模型，看清上面的 ...

感谢您的回复，我的描述有误，已修改。确实是OpenMP并行，这个在gmx源码中是自带的，但是装完之后gromacs中却显示OpenMP=disabled,因此mdrun的时候也无法调用OpenMP，只能用threadMPI并行

作者
Author: snljty2 时间: 2024-10-28 21:34

ccccc123 发表于 2024-10-28 19:58
感谢您的回复，我的描述有误，已修改。确实是OpenMP并行，这个在gmx源码中是自带的，但是装完之后gromacs ...

OpenMP支持通常由编译器提供，比如GNU编译器。不清楚你用的编译器版本，建议补充信息。另外注意看CMake的输出。一定要想办法开启OpenMP编译选项，不要用thread-MPI并行跑GPU加速版。

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