计算化学公社

标题: 四配位Zn配合物结构优化过程中结构乱成一团 [打印本页]

作者
Author: 1795467706 时间: 2024-10-28 21:24
标题: 四配位Zn配合物结构优化过程中结构乱成一团
(, 下载次数 Times of downloads: 7) 这是四配位Zn配合物输入文件
(, 下载次数 Times of downloads: 2) 这是优化过程中的图片，中心金属那里非常乱，求大佬指点一下这是什么原因造成的

作者
Author: snljty2 时间: 2024-10-28 21:32
检查Zn是不是只指定了赝势基组没指定赝势。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-28 23:31
gen改成genecp
6-31g(d)后头别写个莫名其妙的0

作者
Author: ionexchangeC 时间: 2024-10-29 21:42
我在想，如果你对锌原子用了个诸如cc-pVQZ-pp之类的赝势基组，但是你还是把genecp写出gen，能不能正常结束任务并且保持住基本正常的结构呢？然后你就发现不了这个错误了。

作者
Author: 1795467706 时间: 2024-10-31 09:12

sobereva 发表于 2024-10-28 23:31
gen改成genecp
6-31g(d)后头别写个莫名其妙的0

(, 下载次数 Times of downloads: 3) 这个是修改后的输入文件优化后好了很多
(, 下载次数 Times of downloads: 1) 这个是优化后的结构
但是和金属原子配位的酚氧上的氢原子位置不合理，可能是什么原因呢

作者
Author: imasen 时间: 2024-10-31 11:36
本帖最后由 imasen 于 2024-10-31 11:43 编辑

加上隐式溶剂，并给泛函加上D3校正，如果计算出来还是这样的，说明当前结构下，质子在亚胺上才是合理的质子化配置。用GFN2-xTB级别跑了一下，确实是在亚胺上的。
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
截取优化后的部分片段，酚O与锌离子结合后本来结合质子能力就会降低，质子在亚胺上能与酚O和肟的N形成更稳定的双重氢键，所以这个结论是没啥问题的。

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