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标题: 非绝热振动耦合NAC与频率是什么关系，求助 [打印本页]

作者
Author: adreamy 时间: 2024-10-28 21:49
标题: 非绝热振动耦合NAC与频率是什么关系，求助
请问各位老师，像这种非绝热振动耦合NACME的值与频率关系的图可以怎么得到？一个分子的频率不是3N-5或者3N-6个吗？NACME是3N个吧，怎么能对应上的，求助。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-10-29 10:08
这个是把NACME由笛卡尔基转到简正坐标基，然后把每个简正坐标对NACME的贡献对简正坐标的波数作图。
ORCA可以输出这个信息，如果默认的printlevel不够的话就把printlevel加大；MOMAP应该也可以做

作者
Author: adreamy 时间: 2024-10-29 14:34

wzkchem5 发表于 2024-10-29 10:08
这个是把NACME由笛卡尔基转到简正坐标基，然后把每个简正坐标对NACME的贡献对简正坐标的波数作图。
ORCA可 ...

老师，要orca输出这个信息除了printlevel之外，还需要什么关键词吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-10-29 16:27

adreamy 发表于 2024-10-29 07:34
老师，要orca输出这个信息除了printlevel之外，还需要什么关键词吗

按计算IC速率的方法写输入文件，然后在ESD模块里调大printlevel

作者
Author: wal 时间: 2024-10-29 16:54
楼主可以分享一下这篇文章嘛？没见过作这种图的，想看看

作者
Author: adreamy 时间: 2024-10-29 17:35

wzkchem5 发表于 2024-10-29 16:27
按计算IC速率的方法写输入文件，然后在ESD模块里调大printlevel

谢谢老师

作者
Author: adreamy 时间: 2024-10-29 17:37

wal 发表于 2024-10-29 16:54
楼主可以分享一下这篇文章嘛？没见过作这种图的，想看看

https://doi.org/10.1038/s41566-022-01079-8

作者
Author: adreamy 时间: 2024-11-1 10:14

wzkchem5 发表于 2024-10-29 16:27
按计算IC速率的方法写输入文件，然后在ESD模块里调大printlevel

老师，再请教您一个问题，就是如果我想计算T2到T1的NACME（就用ESD（IC）模块计算），那么我需要怎么输入hess文件？我现在想的是，我以T1为参考态，以自旋多重度设为3，基态的hess文件就用T1计算得到的文件，那么T2的hess，我应该是以T1为参考态优化T2得到的hess，还是可以在S0坐标下用TDDFT优化计算得到的T2 hess文件？我见论坛有讨论自旋污染问题，我以T1为参考态自旋多重度设为3，关键词为td=(triplets,root=1）得到的第一个激发态能量是1.129eV，并且<S**2>=2.099和把坐标设为优化后的T1的坐标，自旋多重度设为1，关键词为td=(triplets,root=2,nstates=6)计算得到的第二激发态和第一激发态的能级差为1.0831eV，<S**2>=2.000，这样是不是我可以用TDDFT计算得到T2 hess去代替以T1为参考态优化计算得到的T2 hess？或者说我考虑的都不对，请老师指教。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-11-1 11:18

adreamy 发表于 2024-11-1 03:14
老师，再请教您一个问题，就是如果我想计算T2到T1的NACME（就用ESD（IC）模块计算），那么我需要怎么输入 ...

这里分成两个问题，（1）以哪个结构为初始结构优化？（2）以哪个态（S0还是T1）为参考态？这两个问题是独立的。
先说（1），如果体系只存在一个T2构象，那么初始结构不重要；如果体系存在不止一个T2构象，需要估计不同T2构象之间的转变是否快于T2->T1 IC，如果是的话，需要搜索得到T2的最稳定构象；如果不是，需要知道T2是怎么来的，例如如果是从S1发生ISC而来，就以S1为初始结构优化。
再说（2），抛开程序限制的话，主要需要考虑的问题是哪个方法能把T2的电子结构描述得更准确。大体来说需要考虑两个问题：(a) S0和T1哪个参考态更容易用DFT描述，例如可以从多参考态性质的强弱来判断；(b) 以T1为参考态时，T2的自旋污染是否严重；(c) T2的双激发性质有多强。
如果限定用ORCA计算的话，因为ORCA不支持以S0为参考态算T1和T2的NACME，所以NACME只能以T1为参考态计算，这时T2的Hessian用哪个级别计算的问题还需要考虑一个因素：(d) 以S0为参考态的T2和以T1为参考态的T2的成分是否相符，如果不符的话NACME和Hessian的参考态应当一致。但如果用BDF计算的话，不受这个限制，可以以S0为参考态做所有T2计算

作者
Author: adreamy 时间: 2024-11-1 12:43

wzkchem5 发表于 2024-11-1 11:18
这里分成两个问题，（1）以哪个结构为初始结构优化？（2）以哪个态（S0还是T1）为参考态？这两个问题是独 ...

谢谢老师，我在学习一下

作者
Author: phoenix 时间: 2024-12-30 22:00

wzkchem5 发表于 2024-10-29 10:08
这个是把NACME由笛卡尔基转到简正坐标基，然后把每个简正坐标对NACME的贡献对简正坐标的波数作图。
ORCA可 ...

wzkchem5老师，您好，我想请教一下，我用VASP算频率得到Hessian矩阵之后，怎么将其转化为Normal mode呢？因为我想看一下不同频率之间的振动耦合。十分感谢老师的解答！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-12-30 22:04

phoenix 发表于 2024-12-30 15:00
wzkchem5老师，您好，我想请教一下，我用VASP算频率得到Hessian矩阵之后，怎么将其转化为Normal mode呢？ ...

算phonon就行了，具体方法在本论坛第一性原理板块不难搜到。
但仅知道normal mode，还不能得出“不同频率之间的振动耦合”，因为在谐振近似下normal mode彼此之间没有耦合，需要做非谐振计算

作者
Author: phoenix 时间: 2024-12-30 22:11

wzkchem5 发表于 2024-12-30 22:04
算phonon就行了，具体方法在本论坛第一性原理板块不难搜到。
但仅知道normal mode，还不能得出“不同频 ...

十分感谢w老师您的解答，那我先去论坛中找一下相关的计算方法。我还想请教一个问题：那非谐振计算之后的非对角元是不是就是不同振动模式之间的耦合呀？请w老师赐教

作者
Author: 好兄弟 时间: 2025-1-13 10:48

wzkchem5 发表于 2024-10-29 16:27
按计算IC速率的方法写输入文件，然后在ESD模块里调大printlevel

老师好，ORCA6.0的 6.18.5 Internal Conversion Rates (unpublished)这部分没有ESD(IC)的写法，请问是怎么写kic的输入文件呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-1-13 17:25

好兄弟发表于 2025-1-13 03:48
老师好，ORCA6.0的 6.18.5 Internal Conversion Rates (unpublished)这部分没有ESD(IC)的写法，请问是怎 ...

最新版手册写了
https://www.faccts.de/docs/orca/ ... ts/typical/esd.html

作者
Author: 好兄弟 时间: 2025-1-16 09:59

wzkchem5 发表于 2025-1-13 17:25
最新版手册写了
https://www.faccts.de/docs/orca/6.0/manual/contents/typical/esd.html

感谢老师。

作者
Author: 好兄弟 时间: 2025-2-28 15:46

wzkchem5 发表于 2024-10-29 16:27
按计算IC速率的方法写输入文件，然后在ESD模块里调大printlevel

老师您好，我想要使用ORCA计算t3和t1之间的NACME
1、目前的输入文件：gshessian使用t1.hess文件 ,eshessian使用t3.hess文件，IROOT=3，*xyzfile 01 t1.xyz
(疑惑：基于t1结构计算的话，下方的多重度是否应该写 0 3 ，然后计算t3t1之间，上面写IROOT=2?)

2、使用该方法成功计算出NACME，结果文件中输出了 NACMEs over nomal modes (a.u. and cm-1)，请问为什么NACME值有的是负值呢？

(, 下载次数 Times of downloads: 7)
3、结果文件中输出的频率为： The ES frequencies 。请问这里不是基于GS而是ES，所以想要看相应频率的话要用t3的文件看吗？
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
恳请老师指教。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-2-28 18:33

好兄弟发表于 2025-2-28 08:46
老师您好，我想要使用ORCA计算t3和t1之间的NACME
1、目前的输入文件：gshessian使用t1.hess文件 ,eshe ...

1. 假如以T1为参考态能把T3算准（包括但不限于：T3没有明显自旋污染，T3和T1之间差的是一个单激发而非一个双激发），那么可以自旋多重度写3（注意不是”多重度写0 3”，因为那个0是电荷，不是自旋多重度的一部分），iroot写2。
2. NACME是一个向量，本来就有可能是负值。有的文章里NACME指的是NACME向量的模，向量的模不是负值，但是原则上把NACME向量的模叫做NACME是不严格的。不要把NACME向量的模的非负性套用到NACME本身上
3. 任何频率计算的输出文件都会输出振动频率，ESD模块没输出的频率信息就去对应结构的频率计算输出文件里看

作者
Author: 好兄弟 时间: 2025-2-28 19:58

wzkchem5 发表于 2025-2-28 18:33
1. 假如以T1为参考态能把T3算准（包括但不限于：T3没有明显自旋污染，T3和T1之间差的是一个单激发而非一 ...

好的，感谢老师的解答。

作者
Author: 好兄弟 时间: 2025-2-28 20:19

wzkchem5 发表于 2025-2-28 18:33
1. 假如以T1为参考态能把T3算准（包括但不限于：T3没有明显自旋污染，T3和T1之间差的是一个单激发而非一 ...

老师，在用同样的方法计算另一个分子的NACME时，报错：ORCA finished by error termination in CIS.请问这是什么原因呀？
(, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: cokie 时间: 2025-3-1 14:02

好兄弟发表于 2025-2-28 20:19
老师，在用同样的方法计算另一个分子的NACME时，报错：ORCA finished by error termination in CIS.请问 ...

看这里，你的T1波函数不稳定，找到稳定波函数以后再重新计算

作者
Author: 好兄弟 时间: 2025-3-1 16:23

cokie 发表于 2025-3-1 14:02
看这里，你的T1波函数不稳定，找到稳定波函数以后再重新计算

好的，感谢您。o(*￣▽￣*)ブ

作者
Author: 好兄弟 时间: 2025-3-3 18:54

wzkchem5 发表于 2025-2-28 18:33
1. 假如以T1为参考态能把T3算准（包括但不限于：T3没有明显自旋污染，T3和T1之间差的是一个单激发而非一 ...

老师，还有个问题向请教：
NACME是一个向量，那负值代表什么含义呢？是某个频率下的振动模式降低了NACME值吗？
(, 下载次数 Times of downloads: 6)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-3-6 10:11

好兄弟发表于 2025-3-3 11:54
老师，还有个问题向请教：
NACME是一个向量，那负值代表什么含义呢？是某个频率下的振动模式降低了NACME ...

不是的。
两个态I、J之间的NACME向量是<I|d/dQ|J>，其中d/dQ是对核坐标ξ的导数。例如假如ξ是第N个振动模式的正位移，那么这个NACME向量元为负表示：当体系沿第N个振动模式的正方向振动时，J态会混入少量I态，且其中I态的系数为负。
但因为态的正负本来就是任意的（如果I是体系的本征态，那么-I也是），一个振动模式的哪个振动方向是正方向也是任意的，所以单个NACME向量元的正负没有物理意义，只有两个不同NACME向量元的相对正负有意义。这个和轨道相位的正负是一个道理，一个轨道在某个空间点处的正负没有物理意义。不能因为一个轨道在某个点处为负值，就说是“降低了轨道值”。

作者
Author: 好兄弟 时间: 2025-3-12 15:44
本帖最后由好兄弟于 2025-3-12 16:09 编辑

老师，NAC的取值是读取Norm of the NACs吗？这里的单位是什么呀？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-3-12 15:47

好兄弟发表于 2025-3-12 08:44
老师，NAC的取值是读取Norm of the NACs吗？这里的单位是什么呀？

如果要算内转换速率，需要读完整的NAC矢量（3*Natoms个数），只读任何一个数都不对。
如果要用一个单独的数表征NAC的大小，文献有的读Norm，有的读RMS，要根据你们领域哪种读法更常见来决定读哪个，并且文章里要说明你读的是哪个。
单位是Bohr^-1

作者
Author: 好兄弟 时间: 2025-3-12 16:01
本帖最后由好兄弟于 2025-3-12 16:09 编辑

wzkchem5 发表于 2025-3-12 15:47
如果要算内转换速率，需要读完整的NAC矢量（3*Natoms个数），只读任何一个数都不对。
如果要用一个单独 ...

老师，在算kic的方法计算的NAC值和只计算NACME，输出的Norm of the NACs值不一致，这是为什么呢？
(, 下载次数 Times of downloads: 7) (, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-3-12 16:25

好兄弟发表于 2025-3-12 09:01
老师，在算kic的方法计算的NAC值和只计算NACME，输出的Norm of the NACs值不一致，这是为什么呢？

检查是不是计算的不是同一对态之间的NACME

作者
Author: 好兄弟 时间: 2025-3-12 16:52

wzkchem5 发表于 2025-3-12 16:25
检查是不是计算的不是同一对态之间的NACME

好的，我的两个输入文件都是想要计算t3和t1之间的，请老师检查一下
1、仅计算NACME，其中的坐标用的t1的，该方法输出的Norm of the NACs 是0.27
(, 下载次数 Times of downloads: 7)
2、想要输出freq和NACME的信息，使用计算kic的方法，该方法输出的Norm of the NACs 是3.47
(, 下载次数 Times of downloads: 7)

是基组的问题吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-3-12 17:44

好兄弟发表于 2025-3-12 09:52
好的，我的两个输入文件都是想要计算t3和t1之间的，请老师检查一下
1、仅计算NACME，其中的坐标用的t1的 ...

先把能统一的统一了。不仅基组没统一，TDA也没统一

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