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标题: 关于聚合物与碳纳米管的分子动力学模拟的问题 [打印本页]

作者
Author: 李小泽 时间: 2024-10-28 21:59
标题: 关于聚合物与碳纳米管的分子动力学模拟的问题
碳纳米管当受体，聚合物当配体，使用sobtop得到两个分子的拓扑文件，然后就是搭建盒子，填充水，到这都挺正常的，在下一步填充离子的时候出现了问题：
Program: gmx grompp, version 2018.8
Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\grompp.cpp (line 619)

Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (complex_solv.gro, 2356935)
does not match topology (CNT74.top, 2356)

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-28 22:28
top的SOL 前面要换行

作者
Author: 李小泽 时间: 2024-10-29 09:19

student0618 发表于 2024-10-28 22:28
top的SOL 前面要换行

谢谢您的回答，我换了行还是报错了，请问这是因为什么呀
Setting the LD random seed to -893672554
Generated 1 of the 1 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5
Generated 1 of the 1 1-4 parameter combinations
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'CNT74'

ERROR 1 [file CNT74.top, line 16]:
  No such moleculetype SOL


-------------------------------------------------------
Program:    gmx grompp, version 2018.8
Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\toppush.cpp (line 2439)

Fatal error:
There was 1 error in input file(s)

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-29 11:43
要include力场中的水模型

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