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标题: 如何在动力学模拟过程中寻找复合物最稳定的构象？ [打印本页]

作者
Author: 12313 时间: 2024-10-29 16:57
标题: 如何在动力学模拟过程中寻找复合物最稳定的构象？
各位老师好，我的体系是蛋白配体复合物，先前使用Gromacs进行了50ns的分子动力学模拟，想了解一下常见的在模拟过程中寻找能量最稳定构象的方法，我目前知道的有使用gmx sham命令得到能量、RMSD、Rg三者之间的关系，然后制作3D自由能形貌图找寻能量最低点。想问一下除了这种方法还有没有别的方法？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-30 01:56
MMPBSA计算各帧体系能量，然后排序

作者
Author: 12313 时间: 2024-10-31 11:23

sobereva 发表于 2024-10-30 01:56
MMPBSA计算各帧体系能量，然后排序

谢谢sob老师

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