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标题: 关于金属离子荧光探针的相关咨询 [打印本页]

作者
Author: 三月雨 时间: 2017-1-17 09:52
标题: 关于金属离子荧光探针的相关咨询
老师好，我有几个关于锌离子荧光探针的问题想要咨询一下。

1. 我是基于B3LYP/6-31G**优化未络合锌离子的分子，采用Lanl2DZ赝势基组对络合的锌离子进行优化。
   后边计算数据跟实验对不起来，是不是因为我选的基组有问题。

2. 在DALTON程序上计算两个分子的双光子性质。
   发现双光子吸收截面并不是像实验上所说增大很多倍，反而减小了。双光子吸收波长也未达到近红外区。
   进行双光子吸收性质计算的时候是不是也要采用赝势基组？
   DALTON计算双光子吸收准确吗？

3.  用GAUSSIAN计算单光子吸收性质，GAUSSIAN中的基矢和DALTON程序中的是否一样。

4.  优化后的激发态是找到的单重激发态的几何结构，如果要看它的发射情况是不是需要在这个基础上做一下单点计算。

5.  谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-17 11:31
1 一般这个级别优化够用。和实验对比不好一般不会是当前优化级别不够。（虽然也可以考虑用更好的6-311G**结合SDD优化试试，但应该不会有明显差别）

3 不知道你说的基矢具体指什么，SCF的基函数，还是诸如TDDFT用的组态函数之类

4 需要做激发态计算，单点计算只能得到基态能量。看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314

作者
Author: 三月雨 时间: 2017-1-17 20:26
谢谢老师的回复

作者
Author: 三石草祭 时间: 2017-1-18 22:33

sobereva 发表于 2017-1-17 11:31
1 一般这个级别优化够用。和实验对比不好一般不会是当前优化级别不够。（虽然也可以考虑用更好的6-311G**结 ...

老师，我想咨询一下计算双光子吸收的软件有哪些呢？我也用dalton计算双光子吸收，但和实验差挺多的

作者
Author: ggdh 时间: 2017-1-20 10:02
你结合Zn后的模型是否合理？
比如配体是否脱质子，Zn是几配位。整个体系的带电情况。是否有溶剂模型？
这些问题都要考虑

作者
Author: 三月雨 时间: 2017-1-20 19:51

ggdh 发表于 2017-1-20 10:02
你结合Zn后的模型是否合理？
比如配体是否脱质子，Zn是几配位。整个体系的带电情况。是否有溶剂模型？
这 ...

嗯嗯，谢谢老师。
我找到这个实验的课题组，他们说没有培养出晶体结构，我们考虑Zn是四配体结构。考虑了整体带电荷和不带电荷这两个情况。溶剂采用的是隐式溶剂模型，PCM连续介质模。
老师我不是很懂您说的配体脱质子的意思，如果说再加入两个水分子构成锌离子的正四面体结构，那这这两个水就分别脱一个质子，那这样的话整体是不是电荷就为0 了？

作者
Author: ggdh 时间: 2017-1-21 20:44

三月雨发表于 2017-1-20 19:51
嗯嗯，谢谢老师。
我找到这个实验的课题组，他们说没有培养出晶体结构，我们考虑Zn是四配体结构。考虑了 ...

加zn后紫外吸收红移了么？

作者
Author: 三月雨 时间: 2017-1-21 21:35

ggdh 发表于 2017-1-21 20:44
加zn后紫外吸收红移了么？

红移了一点，10纳米之内，很小。实验说是PET机理，紫外吸收是不是应该在差不多范围内？电荷转移的话红移应该会大吧，老师。

作者
Author: ggdh 时间: 2017-1-23 09:43

三月雨发表于 2017-1-21 21:35
红移了一点，10纳米之内，很小。实验说是PET机理，紫外吸收是不是应该在差不多范围内？电荷转移的话红移 ...

如果是纯粹的pet机理的话，那么双光子吸收截面应该不怎么受影响。

作者
Author: 三月雨 时间: 2017-1-23 19:40

ggdh 发表于 2017-1-23 09:43
如果是纯粹的pet机理的话，那么双光子吸收截面应该不怎么受影响。

谢谢老师您的回复。
那如果是PET机理，波长和双光子吸收的截面都变化不大的话，如何来体现这个探针检测锌离子的优点呢？只是看荧光的变化来判定这个探针是不是性能良好的锌离子探针吗？
谢谢钟老师

作者
Author: ggdh 时间: 2017-1-23 22:35
既然是PET机理。典型的情况就是紫外不变，是荧光turn on的。如果你还看吸收截面和波长的话，那就是要证伪你的PET机理。。。

作者
Author: 三月雨 时间: 2017-2-6 11:37

ggdh 发表于 2017-1-23 22:35
既然是PET机理。典型的情况就是紫外不变，是荧光turn on的。如果你还看吸收截面和波长的话，那就是要证伪你 ...

谢谢钟老师的回复。
我看实验室也有比较这个截面大小的部分，如果波长不是在近红外区的话，波长很小不是对细胞损伤太大了？

作者
Author: ggdh 时间: 2017-2-6 12:48
波长越长吸收截面越大当然越好。问题在于pet机理本身不会影响吸收，只会影响荧光。

作者
Author: 三月雨 时间: 2017-2-7 19:43

ggdh 发表于 2017-2-6 12:48
波长越长吸收截面越大当然越好。问题在于pet机理本身不会影响吸收，只会影响荧光。

哦哦，谢谢钟老师的耐心回复~

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