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标题: avgRDG分子动力学弱相互作用分析问题 [打印本页]

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Author: KCM@SHU 时间: 2024-10-29 22:54
标题: avgRDG分子动力学弱相互作用分析问题
各位老师我想问一下，我想用Multiwfn分析分子动力学弱相互作用的时候（使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元）我按卢老师的教程去操作的最后VMD生成的图形原子感觉变得很乱这是什么原因呢？一张是我用OVITO打开的原始输出xyz的图，图里面主要是水分子，中间是带孔的碳墙，然后孔里面有一个有机分子，只有是C、H、O、N四种分子，但是我按照教程用Multiwfn生成avgRDG.cub、avgsl2r.cub和thermflu.cub文件后，把这三个文件连同教程里面卢老师提供的avgRDG.vmd和avgRDG_TFI.vmd作图脚本拷贝到VMD目录下后，用VMD打开他的成像就是这样的了，这个是什么原因呢，感觉有些元素都乱了，中间那个有机分子也看不出形状了，是我计算设置的帧数太小了吗？我为了先摸索一下盒子设置大小就用前20帧分析，还是说是因为盒子设置太小盒子外的原子都是比较乱的呢？

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Author: sobereva 时间: 2024-10-30 01:49
给Multiwfn用的xyz文件应当满足下文说的规范，各个原子都用的元素名，否则Multiwfn没法正确判断各个原子是什么元素
谈谈记录化学体系结构的xyz文件
http://sobereva.com/477

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Author: KCM@SHU 时间: 2024-10-30 14:18
本帖最后由 KCM@SHU 于 2024-10-30 21:56 编辑

sobereva 发表于 2024-10-30 01:49
给Multiwfn用的xyz文件应当满足下文说的规范，各个原子都用的元素名，否则Multiwfn没法正确判断各个原子是 ...

老师好像不是文件格式的问题，我是用OVITO输出的xyz文件，我发现我分析的帧数多了好像就会出现这种问题，我分析帧数选1,1的时候所有元素的排布是正常的，当我帧数选1,20的时候他就乱了，我想问一下老师这是什么原因呢？下面是我xyz文件的开头部分 (, 下载次数 Times of downloads: 2)

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Author: sobereva 时间: 2024-10-30 23:59

KCM@SHU 发表于 2024-10-30 14:18
老师好像不是文件格式的问题，我是用OVITO输出的xyz文件，我发现我分析的帧数多了好像就会出现这种问题， ...

我从来不用OVITO，不回答相关问题

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Author: KCM@SHU 时间: 2024-11-1 16:48

sobereva 发表于 2024-10-30 23:59
我从来不用OVITO，不回答相关问题

好的老师，已经解决啦，是lammps输出文件的问题，lammps和OVITO输出轨迹的xyz文件虽然和标准的格式很像，但是不知道为啥放进VMD里面就不行，我把lammps输出其他文件就可以了

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