计算化学公社

标题: hirshfeld surface分析问题 [打印本页]

作者
Author: xida 时间: 2017-1-17 14:40
标题: hirshfeld surface分析问题
各位社员及版主好，我是一个量化计算的小菜鸟，现在有一个问题想请教一下大家，根据Multiwfn用户手册，我画出了hirshfeld surface，但和实验测出的分子间氢键完全不符，有没有这种可能？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-17 14:47
可能导致不符的原因太多了
优化级别不合理，体系模型反映不了实验实际状况，在Multiwfn中操作不合理，分析方式不合理，作图过程不合理等等
只要能刨除以上因素，不会不符的

详见下文的例子和讨论
使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用
http://sobereva.com/701（http://bbs.keinsci.com/thread-43178-1-1.html）

作者
Author: xida 时间: 2017-1-17 15:08
谢谢您的指导，我有几个问题想要问您1.我的cif文件中的分子需要优化吗？2，在堆积图中找一个被包围的分子就可以作为The index of the atoms in the central molecular？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-17 15:14

xida 发表于 2017-1-17 15:08
谢谢您的指导，我有几个问题想要问您1.我的cif文件中的分子需要优化吗？2，在堆积图中找一个被包围的分子就 ...

1 氢是必须优化的，X光衍射基本测不了氢原子位置。重原子是否需要优化看你研究目的，如果就是想研究晶体中的构型就不需要优化

2 是

作者
Author: xida 时间: 2017-1-17 15:17
您的速度太给力了，谢谢您的指导

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