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标题: Autodock Vina中关于grid box的参数问题 [打印本页]

作者
Author: 12313 时间: 2024-10-31 11:55
标题: Autodock Vina中关于grid box的参数问题
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各位老师好，我想请教一下文献中经常出现的诸如grid box的尺寸为60Å×60Å×60Å，这个参数是如何得到的，是否与图中的参数调节有关？

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-31 12:02
本帖最后由 student0618 于 2024-10-31 12:04 编辑

vina docking就是要给grid box 哦？size_x size_y size_z
很多可视化软件都可以帮忙设Grid box，如autodocktools。

作者
Author: 12313 时间: 2024-10-31 13:08

student0618 发表于 2024-10-31 12:02
vina docking就是要给grid box 哦？size_x size_y size_z
很多可视化软件都可以帮忙设Grid box，如autodoc ...

是这样的，文献中使用Autodock Vina 对grid box的size进行了调节，但是在软件中没有找到对应的参数调节，对于grid box，只能调节图中显示的参数，所以想知道grid box的size该如何调节？

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-31 13:13
本帖最后由 student0618 于 2024-10-31 13:25 编辑

12313 发表于 2024-10-31 13:08
是这样的，文献中使用Autodock Vina 对grid box的size进行了调节，但是在软件中没有找到对应的参数调节， ...

就在这边调盒子大小，output vina config帮忙转单位

作者
Author: 12313 时间: 2024-10-31 14:01

student0618 发表于 2024-10-31 13:13
就在这边调盒子大小，output vina config帮忙转单位

谢谢您，那请问config中转化后的单位是Å吗？

作者
Author: 香菜128 时间: 2024-10-31 15:57
你好请问运行 vina的时候框闪退咋办呀？

作者
Author: 12313 时间: 2024-10-31 16:07

香菜128 发表于 2024-10-31 15:57
你好请问运行 vina的时候框闪退咋办呀？

是不是你的分子太大了

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