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标题: amber生成拓扑出现错误求助 [打印本页]

作者
Author: teacher7 时间: 2024-10-31 20:06
标题: amber生成拓扑出现错误求助
各位专家，我在amber中生成拓扑，输入了以下命令，出现这个错误，应该怎么解决？

source leaprc.protein.ff14SB

source leaprc.water.spce

free = loadpdb1aki.amber.pdb

solvateBox free TIP3PBOX 14.0

addIons free Cl- 0

saveamberparm free free_solvated.prmtop free_solvated.inpcrd

quit

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-31 20:12
loadpdb 是否少了个空格？

作者
Author: teacher7 时间: 2024-10-31 20:36

student0618 发表于 2024-10-31 20:12
loadpdb 是否少了个空格？

source leaprc.protein.ff14SB
老师你好，我把命令改成了这个，结果出现了更多的错误
source leaprc.water.tip3p
free = loadpdb 1aki.pdb
solvateBox free TIP3PBOX 14.0
addIons free Cl- 0
saveamberparm free free_solvated.prmtop free_solvated.inpcrd
quit

作者
Author: student0618 时间: 2024-11-1 10:41

teacher7 发表于 2024-10-31 20:36
source leaprc.protein.ff14SB
老师你好，我把命令改成了这个，结果出现了更多的错误
source leaprc.wa ...

loadpdb 时有其他信息的，看看是哪残基出问题缺参数。

作者
Author: Huschein 时间: 2024-11-5 23:44
蛋白先用pdbfixer或者pdb4amber修完再说，你这一看就是没修过的

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