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标题: Gaussian 16 / GaussView 6 新功能 [打印本页]

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-1-18 20:07
标题: Gaussian 16 / GaussView 6 新功能
本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-4-20 03:28 编辑

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（以我感觉对我的实用性为序）

P.S. G16的第一个公开版本是Gaussian 16 A.03

Gaussian 16 新功能

支持在限制性优化、柔性扫描等任务中，使用新的广义内坐标定义方式 （一门小语言，这是新Gaussian里面唯一令我眼馋的东西 →_→，非常灵活）

            通过 geom=GIC 声明一个新的输入段落编写下列内容
            可以定义几何变量名，如 HOH=A(2 , 1 , 3)；对变量进行运算；运算中修改数值；使用条件控制语句；协同的限制性优化、柔性扫描

            支持的几何变量函数：
                        原来的键长、键角、二面角、线性弯曲 R、A、D、L；
                        原子坐标分量 X、Y、Z；
                        n个原子的重心分量 XCntr、YCntr、ZCntr （如XCntr(1 , 12 - 15 , 27) 表示这5个原子重心的原子坐标 X 分量）
                        两向量的点积 DotDiff(i , j , k , l) = ( i - j ) · ( k - l )，其中 i , j , k , l 为原子序号对应的坐标向量

            支持的数学运算：加、减、乘、除、乘方，开方 SQRT，指数 EXP，三角函数 SIN、COS、TAN，ARCCOS

            支持的操作：
                        冻结    Frozen；
                        柔性扫描    StepSize=x, NSteps=n；
                        （恢复）指定初值    Value=X；
                        增加 / 不增加 / 删除冗余内坐标    Active / Inactive / Kill；
                        输出值    PrintOnly；
                        指定初始Hessian中的相应对角项数值    ForceConstant = x；
                        在特定数值区间内时激活选项 Min, Max；
                        条件控制语句    OnlyIf, IfNot

            使用示例：

(, 下载次数 Times of downloads: 130)

计算两分子/两分子片段间的电子能量转移速率（rate of EET），可用于考察光化学中的常见过程如 M* + A --> M + A*
新方法：

            半经验：PM7；
            泛函：M08系列(?)，MN15，MN15L；
            双杂化：DSDPBEP86，PBE0DH，PBEQIDH

更好的 GEDIIS 几何优化方法
提供 opt=recalc 选项代替原来隐藏的 IOp(1/40=n) 选项，在优化过程中每隔n步计算一次精确 Hessian
TD-DFT 解析 Hessian (可用于激发态频率、红外拉曼、过渡态优化、IRC)；（注：不支持TD+SCRF的解析频率，即只能不加溶剂做）
提供高斯与 C++, Fortran, Python, Perl 的接口
优化核数较多时高斯的并行效率

可以指定 Gaussian 使用的 CPU 线程号（其实这个功能完全可以通过排队程序管理）：

            使用 %CPU=0‑7 可以指定 Gaussian 使用第1个至第8个线程，在只有8个线程的机器上等效于 %nprocshared=8
            使用 %CPU=0-16/2 指定 Gaussian 使用第 1、3、5、7、9、11、13、15 号线程，主要用于防止挤在某核超线程出来的两个线程中、及在多 CPU 的机器上均衡负载
            P.S. Gaussian 官方推荐关掉超线程了，WTF！抽空发个评测打脸。

支持在命令行或环境变量中定义原来的各 %link0 选项

修改了一些默认设置

            全面提升各种默认积分精度：
                        默认积分精度从 1E-10 修改为了 1E-12，等价于默认 int=ACC2E=12
                        在所有 DFT 计算中默认 int=UltraFine （吃饱了撑的？）
                        CPHF 默认 int=SG1
            修改默认内存使用量至 %mem=800MB
            SCRF默认算法修改为“symmetric form of IEFPCM”，之前没有这个功能（竟然不是SMD）
            使用2010年公布的基本物理常数
            竟然没有改进 IRC 算法、也没有改默认 IRC 选项

GaussView 6 （都比较实用，好评）：

支持简单的构象搜索（感觉类似HyperChem，随机笛卡尔坐标移动、随机二面角旋转、随机环构象翻转）

(, 下载次数 Times of downloads: 146)

支持MMFF94力场（此条未列出，根据上一条发现）

创建初猜结构时使用对称性工具降低（破坏）分子对称性
支持对一批分子使用同一套关键词批量创建输入文件
自带简单的任务排队功能
Summary可以显示更多实用的量

(, 下载次数 Times of downloads: 141)

同时显示多个光谱

(, 下载次数 Times of downloads: 122)

曲线似乎好看点儿了（此条也未列出，据图发现）
支持通过鼠标拖动轨迹快速选择原子

(, 下载次数 Times of downloads: 128)

创建计算时有更多鼠标能点出来的选项（%oldchk，预览产生的输出文件，等）
保存MP4格式动画视频
显示PCM溶剂空腔
显示非谐振振动光谱、ORD、振动耦合电子光谱结果

以及我觉得我用不着的 Gaussian 16 新功能：

GPU加速：Linux 下支持 HF 和 DFT 计算中用 Tesla K40、K80 显卡加速（支持的GPU、价格都一个顶俩CPU →_→，思路新颖）
优化内存使用策略，避免（减少？）了CCSD迭代过程中读写硬盘
优化活性空间>10*10的CASSCF，可以做包含16个轨道的活性空间的CASSCF
大幅优化W1热力学组合方法中核相关能的计算
EOMCC 解析梯度 (几何优化)
可在用非谐振模型计算 VCD 和 ROA 谱
振动耦合电子光谱及峰强度计算

以及我不知道什么意思的 Gaussian 16 新功能：

Adamo excited state charge transfer diagnostic （仿佛是某种激发过程的波函数分析方法？）
The EOMCC solvation interaction models of Caricato
Gaussian 16 incorporates algorithmic improvements for significant speedup of the diagonal, second-order self-energy approximation (D2) component of composite electron propagator (CEP) methods as described in [DiazTinoco16].

应有（期待）却没有更新的功能：（参考 7L of http://bbs.keinsci.com/thread-1802-1-1.html）

高效率 RI 加速（看来 ORCA 还能活的很好）
方法：PWPB95、CASPT2、KT 泛函、CC2、CC3、DSD-BLYP、MP2.5、SCS-MP2
基组： LanL2TZ, LanL08/LanL08(d), def2-xZVPD （分明是举手之劳。。。）
CDFT
DKHSO of DFT；态-态旋轨耦合
可接受的高维PBC
Linda 并行效率
能量分解

(?) IOp(5/13=1) 的警告（未知，之前向Gaussian客服提出这个意见，其表示接受）
(?) 输出的改进
(?) 报错的改进

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-1-18 20:40
→_→ 一开始没打完就发出去了。。。

作者
Author: brothers 时间: 2017-1-18 20:41
Adamo excited state charge transfer diagnostic
没准是delta_r, D_CT，H, t, 电子，空穴分布RMSD，等一些描述子。
还有就是他的电子空穴密度是根据电子密度差来算的。

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2017-1-18 21:21
李大博士开飞机啦

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-1-18 22:18
咨询一下，新的支持激发态频率计算了吗？

作者
Author: 遗忘爱神 时间: 2017-1-18 22:26

小范范1989 发表于 2017-1-18 22:18
咨询一下，新的支持激发态频率计算了吗？

TDDFT支持解析 Hessian，频率计算速度大幅提高

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-1-18 22:30

遗忘爱神发表于 2017-1-18 22:26
TDDFT支持解析 Hessian，频率计算速度大幅提高

偶？也就是支持解析求解激发态频率了？我记得当时群里说只能算gas下，溶剂中也能算吗？谢谢

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-1-18 23:08

小范范1989 发表于 2017-1-18 22:30
偶？也就是支持解析求解激发态频率了？我记得当时群里说只能算gas下，溶剂中也能算吗？谢谢

不支持。http://gaussian.com/scrf/ availablility可以看到 TD+scrf只支持数值频率

作者
Author: quora 时间: 2017-1-19 18:14
大博士们，期待资源

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-1-19 18:37

遗忘爱神发表于 2017-1-18 22:26
TDDFT支持解析 Hessian，频率计算速度大幅提高

欧？支持了吗？我看楼主说不支持呢，谢谢哈

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-1-19 18:42

小范范1989 发表于 2017-1-19 18:37
欧？支持了吗？我看楼主说不支持呢，谢谢哈

支持气相，不支持和scrf联用时的解析频率

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-1-19 19:13

liyuanhe211 发表于 2017-1-19 18:42
支持气相，不支持和scrf联用时的解析频率

偶，这样子啊，气象和scrf之间差距很大吗，是不是很难实现，不懂，嘿嘿。如果这样的话，那就不买了。本来就是想计算溶剂中的。谢谢了哈

作者
Author: heroooo 时间: 2017-1-20 03:17
是不是RI还是有问题,不被大多数人认可?
GPU是新的尝试吧, 但是受制于内存问题,加速效果并不明显,8个GPU才能达到2倍的加速, 根本用不起啊

作者
Author: beefly 时间: 2017-1-20 08:23

小范范1989 发表于 2017-1-19 19:13
偶，这样子啊，气象和scrf之间差距很大吗，是不是很难实现，不懂，嘿嘿。如果这样的话，那就不买了。本来 ...

用oniom(td:amber)模拟溶剂化效应，解析频率应该可以了吧？

作者
Author: ggdh 时间: 2017-1-20 09:46
新的内坐标能够约束两个PI平面保持平行或者垂直么？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-1-20 11:01

ggdh 发表于 2017-1-20 09:46
新的内坐标能够约束两个PI平面保持平行或者垂直么？

我理解至少保证两个三原子确定的平面之间的平行是可以的。根据它的语法，只要能用初等解析几何表达的关系都可以限制。再剩下的就是如何定义pi平面的问题了

作者
Author: ggdh 时间: 2017-1-20 18:07

liyuanhe211 发表于 2017-1-20 11:01
我理解至少保证两个三原子确定的平面之间的平行是可以的。根据它的语法，只要能用初等解析几何表达的关系 ...

一堆二面角就能限定一个pi平面吧

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-1-20 18:47

ggdh 发表于 2017-1-20 18:07
一堆二面角就能限定一个pi平面吧

我理解更好的做法是只锁定一个变量，比如一个pi平面6个原子，设法定义一个平均的平面，例如分成两组三个原子，把平面法向量求平均；两个平面分别这样定义后指定两个平面的两个法向量平行。这样是在3N-7维上的优化。如果直接把pi平面锁死，优化维度低得多。前者应该更合理一些。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-21 11:31

heroooo 发表于 2017-1-20 03:17
是不是RI还是有问题,不被大多数人认可?
GPU是新的尝试吧, 但是受制于内存问题,加速效果并不明显,8个GPU才 ...

RI已经非常成熟了，诸如grimme等人甚至计算高精度测试集数据都开着RI
还是高斯在这方面不上心，缺乏远见。

感觉g16发布过于仓促。别人16年就发布17版本，结果刚到17年高斯急急忙忙把之前打招呼打了一年的16才发布出来，发布时候连网站还没做好。

GPU加速这东西，我看高斯只是追求“支持GPU加速”，能把这条写进feature里，但不求有什么实际用处。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-24 11:13
还有一条新增的功能是能量转移计算，居然没写进官方的新功能公告里，不知道是不成熟还是怎么的
http://gaussian.com/eet/

作者
Author: smutao 时间: 2017-1-24 22:36

TD-DFT 解析 Hessian (可用于激发态频率、红外拉曼、过渡态优化、IRC)；（注：不支持TD+SCRF的解析频率，即只能不加溶剂做）
提供高斯与 C++, Fortran, Python, Perl 的接口

可以预见的是以后激发态下反应机理的文章会越来越多
而且搞理论开发的难度也降低了不少

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-1-25 21:26

sobereva 发表于 2017-1-24 11:13
还有一条新增的功能是能量转移计算，居然没写进官方的新功能公告里，不知道是不成熟还是怎么的
http://gau ...

( ⊙ o ⊙ ) 听起来很有用

作者
Author: jackieiii 时间: 2017-4-28 13:04
这次去听了一下16的讲座，对于初学者的我，好多都没听懂~

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-4-28 13:20

jackieiii 发表于 2017-4-28 13:04
这次去听了一下16的讲座，对于初学者的我，好多都没听懂~

什么16的讲座

作者
Author: jackieiii 时间: 2017-4-28 14:00

liyuanhe211 发表于 2017-4-28 13:20
什么16的讲座

就是gaussian16的新功能讲座，上海绎模科技主办的，我觉得对于我这种完全小白，还是想学习软件的基本例子操作

作者
Author: njfuzjs 时间: 2017-6-4 10:32
GV的help比原来好多了

作者
Author: alwens 时间: 2017-6-4 14:30

sobereva 发表于 2017-1-24 11:13
还有一条新增的功能是能量转移计算，居然没写进官方的新功能公告里，不知道是不成熟还是怎么的
http://gau ...

这个功能很不错。

作者
Author: 锁塘柳烟池 时间: 2017-12-20 21:00
为什么我使用构象搜索功能不能提交呢，submit是灰的

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2017-12-20 21:13

锁塘柳烟池发表于 2017-12-20 21:00
为什么我使用构象搜索功能不能提交呢，submit是灰的

构象搜索好像是要购买的。应该不是自带的。

作者
Author: beefly 时间: 2017-12-20 21:13
和GV5相比，GV6有点卡

作者
Author: abin 时间: 2017-12-21 13:41
https://thepiratebay.org/torrent/18616521/Gaussian_16_Linux

作者
Author: ironman_2 时间: 2017-12-21 14:52
太NB了，膜拜膜拜啊，Gaussian16到了那个版本了？

作者
Author: wxy 时间: 2017-12-21 15:08
看起来GV6增加的功能很实用，想换成它了。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-21 17:38

ironman_2 发表于 2017-12-21 14:52
太NB了，膜拜膜拜啊，Gaussian16到了那个版本了？

一直都是A.03

作者
Author: pengzh 时间: 2018-8-9 10:41
请问，D3BJ能不能支持算Am，Cm及以后的元素？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-10 05:10

pengzh 发表于 2018-8-9 10:41
请问，D3BJ能不能支持算Am，Cm及以后的元素？谢谢

问题别发到无关帖子后头，注意保持论坛秩序
1~94号元素都支持，DFT-D3原文标题上就写明了

作者
Author: 从前以后 时间: 2019-1-8 16:49
之前用G09算IRC，很顺畅自从换了G16，都大半个月了一个IRC也没算出来

作者
Author: helpme 时间: 2019-3-6 15:50
我做得一个计算发现这样的结果。
G16中的iop(5/13=1)：
若iop(5/13=1)与scf(maxcyc=xx)一起使用，则实际SCF最大尝试步数由xx指定；
若只写iop(5/13=1)不写scf(maxcyc=xx)，则SCF使用比默认数值更少的最大步数。
上述两种情况下，若SCF在最大步数达到之后未收敛，并不会按照以往该iop的功能进行下一步优化，而是直接退出，且给出一个警告：
SCF has not converged. Gradients and post-SCF results would be GARBAGE!!

作者
Author: 黄时清 时间: 2020-7-3 12:58
请问gaussview6能和gauss09联用吗？

作者
Author: snljty 时间: 2020-7-3 13:02

黄时清发表于 2020-7-3 12:58
请问gaussview6能和gauss09联用吗？

部分功能不完全兼容。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-7 05:12

黄时清发表于 2020-7-3 12:58
请问gaussview6能和gauss09联用吗？

gview6打开G09算的IRC有问题，其它的没发现显著问题

作者
Author: liu1216081301 时间: 2024-10-31 18:39
Gaussian 16 A.03是win64版本不，有知道的大佬没

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