计算化学公社

标题: 求助gromacs计算显示“内部错误，总势能非常高” [打印本页]

作者
Author: saga 时间: 2024-11-6 15:04
标题: 求助gromacs计算显示“内部错误，总势能非常高”
采用gromacs计算电解液分子动力学，输出文件错误显示为“Internal error(bug):

Step 0: Thetotal potential energy is 3.72084e+18, which is extremely high.

The LJ andelectrostatic contributions to the energy are 3.72084e+18 and

5012.68,respectively. A very high potential energy can be caused by

overlappinginteractions in bonded interactions or very large coordinate

values. Usuallythis is caused by a badly- or non-equilibrated initial

configuration,incorrect interactions or parameters in the topology.”

下面是上传的相关文件。请大神指点!

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作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-6 15:31
不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

作者
Author: saga 时间: 2024-11-6 15:33
收到，谢谢sobereva老师提醒，下次一定注意!

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-9 08:30
参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8进行排查。虽然里面说的是MD的情况，但其中很多不合理的因素在em阶段就已经会造成严重问题

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