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标题: 求助审稿意见中关于Franck-Condon因子的问题 [打印本页]

作者
Author: hhwang 时间: 2024-11-7 00:10
标题: 求助审稿意见中关于Franck-Condon因子的问题
各位老师，大家好，我的一个关于丙酸乙酯（EP）光电离解离的工作，对中性分子EP和光电离得到的分子离子EP+进行了LBO分析，但是审稿人提出了这样一个问题：Sec 3.1 and 3.2. It is clear there is a large difference between the adiabatic and vertical ionization energy of EP. This speaks to a large geometry difference between the neutral and ion. Some of this is discussed with the changing bond lengths. The authors could easily do a Franck Condon simulation (in Gaussian) to see the vibrational excitation that occurs upon ionization and relate this to the changing geometry. It may provide more insight.
审稿人建议进行Franck-Condon因子的计算和分析。针对这个问题，我用Gaussian软件进行了Franck-Condon因子的计算，完整的输入文件和输出文件如附件所示(另外调用的输入文件是第二个结构优化得到的00001-.chk)。
我现在的问题是，
一、审稿人让我补算的具体是Franck-Condon因子的哪些分析呢？
二、对于输入文件部分，我的第二个文件的结构写成分子离子的结构是否正确？我的命令语句是否存在问题？
三、我按照当前的输入文件格式，出现了输出的高斯报错，结构中有两个虚频，我重算了好几遍，没找到出现问题的原因，请问出现报错可能是我的哪些操作有问题呢？
非常感谢各位老师，希望能得到各位老师们的指教！
输入文件：
%chk=000001.chk
#p freq=savenm wb97xd/6-311++g(2df,2p)

000001

0 1
XX

--link1--
%chk=000001-.chk
#p freq=savenm wb97xd/6-311++g(2df,2p) guess=read

000001-

1 2
XX

--link1--
%oldchk=000001.chk
%chk=fc.chk
#p freq=(fc,ReadFCHT) geom=check

FC

0 1

initial=source=calc final=source=chk
spectrum=(lower=-500.,upper=+5000.,grain=1.,HWHM=150)
temperature=value=20
reddim=clearimfreq
prescreening=(maxc1=30.,maxc2=30)
print=matrix=JK

000001-.chk

作者
Author: cokie 时间: 2024-11-7 09:27
不同振动能级之间的跃迁概率和对应的F-C因子有关，也许对你寻找光电离反应中间态的几何结构选择和自由能变化上可以得到一些分析结果。
在Gaussian里如何计算FC因子的问题得靠其他高手来解释了。

作者
Author: beefly 时间: 2024-11-7 10:07
FC不是必须算的。可以通过垂直激发做粗糙的估计，也就是中性分子基态平衡结构到阳离子的激发/电离过程，不考虑结构变化。实验条件下，可能会在垂直激发到阳离子某个振动能级附近的+/-3个振动能级都有分布

作者
Author: hhwang 时间: 2024-11-8 20:45

cokie 发表于 2024-11-7 09:27
不同振动能级之间的跃迁概率和对应的F-C因子有关，也许对你寻找光电离反应中间态的几何结构选择和自由能变 ...

好的，非常感谢您的回复！

作者
Author: hhwang 时间: 2024-11-8 20:49

beefly 发表于 2024-11-7 10:07
FC不是必须算的。可以通过垂直激发做粗糙的估计，也就是中性分子基态平衡结构到阳离子的激发/电离过程，不 ...

老师，感谢您的回复，请问您提到的垂直激发，也就是第二个结构和第一个结构保持不变，然后电荷和自旋多重度对应 1 2，加上激发态的命令语句td=(nstates=6,root=1)，我试算了一下，还是出现了第三个结构虚频的问题，想知道为什么会出现这样的报错呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-9 07:20
人工检查1 2那个任务振动分析后到底有没有虚频，倘若有虚频，必然此处用的结构没有经过合理优化

作者
Author: hhwang 时间: 2024-11-10 14:12

sobereva 发表于 2024-11-9 07:20
人工检查1 2那个任务振动分析后到底有没有虚频，倘若有虚频，必然此处用的结构没有经过合理优化

卢老师，检查了1 2任务的振动频率是没有虚频的，也优化了好几次，确认了任务3调用的确实是任务2的.chk，但是3还是出现了两个虚频，所以不知道哪里出现了问题

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