计算化学公社

标题: 多肽-蛋白体系怎么使用Amber计算FEP [打印本页]

作者
Author: H.J.Zhao 时间: 2024-11-7 11:50
标题: 多肽-蛋白体系怎么使用Amber计算FEP
Gramacs中有计算FEP的，Amber中请教一下怎么计算呢

作者
Author: k64_cc 时间: 2024-11-7 12:48
去Darrin York课题组页面看，amber官网也有tutorial

作者
Author: H.J.Zhao 时间: 2024-11-7 14:39

k64_cc 发表于 2024-11-7 12:48
去Darrin York课题组页面看，amber官网也有tutorial

好嘞谢谢

作者
Author: teacher7 时间: 2024-11-8 20:37
师兄

作者
Author: Huschein 时间: 2024-11-8 21:18
Amber的FEP我不太确定，但是TI在amber中是高度成熟的，可以考虑TI

作者
Author: :]]]]] 时间: 2025-9-15 11:24
请问怎么使用Gramacs计算FEP呐？我没有找到关于fep的gmx官方示例，您能分享一下相关介绍吗？

作者
Author: student0618 时间: 2025-9-15 17:14

:]]]]] 发表于 2025-9-15 11:24
请问怎么使用Gramacs计算FEP呐？我没有找到关于fep的gmx官方示例，您能分享一下相关介绍吗？

1. 这个好像最好开新帖问
2. 真正的gmx官网教程 https://tutorials.gromacs.org 有FEP哦，只是他很多余地用python把事情简单复杂化，比Justin非官方教程更难用。只能用免费资料的话可以先参考他。

作者
Author: :]]]]] 时间: 2025-12-8 14:48

student0618 发表于 2025-9-15 17:14
1. 这个好像最好开新帖问
2. 真正的gmx官网教程 https://tutorials.gromacs.org 有FEP哦，只是他很多余 ...

谢谢，我先学习一下

作者
Author: enthalpy 时间: 2025-12-8 15:16
用FEP/TI 计算多肽-蛋白体系结合绝对自由能比较难收敛吧，如果是相对自由(变化一两个氨基酸残基)应该还是可以的。

作者
Author: Jeffrey0521 时间: 2026-2-25 13:25

student0618 发表于 2025-9-15 17:14
1. 这个好像最好开新帖问
2. 真正的gmx官网教程 https://tutorials.gromacs.org 有FEP哦，只是他很多余 ...

可以指路一下这个Justin吗？

作者
Author: student0618 时间: 2026-2-25 16:24

Jeffrey0521 发表于 2026-2-25 13:25
可以指路一下这个Justin吗？

仅供参考，他有重新更新教程了，但注意有些步骤并非最好/必要的。

可以在以下我整理的帖子搜搜看：

网上公开的自由能/增强采样计算教程整理及主观简评
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

作者
Author: Jeffrey0521 时间: 2026-3-3 13:52

student0618 发表于 2026-2-25 16:24
仅供参考，他有重新更新教程了，但注意有些步骤并非最好/必要的。

可以在以下我整理的帖子搜搜看：

感谢大佬，帖子整理的太全面了，已收藏。

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