计算化学公社

标题: Gaussian计算优化后的分子的能量出错 [打印本页]

作者
Author: 一粟君 时间: 2024-11-7 17:19
标题: Gaussian计算优化后的分子的能量出错
本帖最后由一粟君于 2024-11-7 18:47 编辑

计算两个小分子的复合物的分子能量的过程中，遇到了如下错误:
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
rdx 000000000000052a, rsp 00007fff4ad80718, rbp 00007fff4ad80cf0
rsi 000000000000000b, rdi 000000000000052a, r8  00002b1ab794b2c0
r9  0000000000000000, r10 00007fff4ad801a0, r11 0000000000000206
r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007fff4ad80d38
r15 0000000000000008
  --- traceback not available

计算细节：Gaussian09 windows，所用基组为6-31g(d,p)，泛函为B3LYP。首先对复合物进行几何优化，得到结构R-2DA，然后将R-2DA结构在GaussView上读取，保存R-2DA.gjf，编辑R-2DA.gif的命令部分为：
%mem=1000MB
%nproc=4
%chk=R-2DA-energy.chk
# B3LYP/6-31g(d,p) Scrf=(SMD, Solvent=toluene)

R-2DA-energy

即为附件的R-2DA-energy.gjf，输出的报错.log文件和.out文件见附件，其它类似的小分子复合物计算都没问题，唯独这个出了error，求指导。

作者
Author: wal 时间: 2024-11-7 17:29
本帖最后由 wal 于 2024-11-7 17:32 编辑

再跑一次试试，还不行就把输出文件贴上来
另外你算能量用这么低的级别，而且B3LYP算复合物没加D3，是要做什么

作者
Author: 一粟君 时间: 2024-11-7 19:00

wal 发表于 2024-11-7 17:29
再跑一次试试，还不行就把输出文件贴上来
另外你算能量用这么低的级别，而且B3LYP算复合物没加D3，是要做 ...

又跑了一次还是不行，输出文件贴上来了，本人是Gaussian小白，根据网上的单分子能量教程算的，请问一般用什么基组和泛函来计算复合物的能量, B3LYP/6-311g？在我的这个体系中色散问题必须要考虑吗？求不吝赐教。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-7 20:58

一粟君发表于 2024-11-7 19:00
又跑了一次还是不行，输出文件贴上来了，本人是Gaussian小白，根据网上的单分子能量教程算的，请问一般用 ...

这么小体系，相互作用能起码用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G(2d,p)结合counterpoise校正算

好好看下文，避免做荒诞的计算
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

并且强烈建议看
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）

在像样的计算级别下的如果仍遇到此问题，尝试Gaussian更新的版本。G09 B.01已经非常老了

另外，以后提问报错时不要贴这种终端里的报错提示，对于解决问题毫无用处。只有Gaussian输出文件末尾的信息才是有意义的

作者
Author: 一粟君 时间: 2024-11-7 21:11

sobereva 发表于 2024-11-7 20:58
这么小体系，相互作用能起码用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G(2d,p)结合counterpoise校正算

好好看下文，避免做 ...

谢谢sob老师！

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