计算化学公社

标题: MD中在某一帧，蛋白的原子突然跑到其它地方去的问题 [打印本页]

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Author: uenh1998 时间: 2024-11-8 10:55
标题: MD中在某一帧，蛋白的原子突然跑到其它地方去的问题
本帖最后由 uenh1998 于 2024-11-8 11:17 编辑

如题描述的那样，基于已经模拟的轨迹，打算测量离子与蛋白的一个氧原子距离，图里用VDW形式显示。结果发现前一帧（图1）好好的，下一帧突然离子跳到其他位置（图2），下一帧又好了（图3）这是什么原因呢），是不是要重新跑轨迹。蛋白、离子体系已经去周期性并pbc -nojump。感谢大家

附上对蛋白-离子整体处理的指令：gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -center -pbc mol -ur compact -o mdnopbc.xtc -n index.ndx
gmx trjconv -s md.tpr -f mdnopbc.xtc -center -pbc nojump -ur compact -o mdnojump.xtc -n index.ndx
gmx trjconv -s md.tpr -f mdnojump.xtc -fit rot+trans -n index.ndx -o mdnew.xtc
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作者
Author: student0618 时间: 2024-11-8 11:08
看上去是因为周期性边界，vmd representation 的periodic那边开+/- x/y/z看看。

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Author: uenh1998 时间: 2024-11-8 11:14

student0618 发表于 2024-11-8 11:08
看上去是因为周期性边界，vmd representation 的periodic那边开+/- x/y/z看看。

并不是跑到下个周期去了。况且我已经对轨迹去周期性和-pbc nojump了

作者
Author: student0618 时间: 2024-11-8 12:39
先在vmd看看image也就按几下吧，而且这可能trjconv要用-pbc cluster

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-9 06:44
VMD里把盒子显示出来，一目了然
如果看到就是跨盒子导致的，说明nojump没弄对

作者
Author: uenh1998 时间: 2024-11-12 11:25

sobereva 发表于 2024-11-9 06:44
VMD里把盒子显示出来，一目了然
如果看到就是跨盒子导致的，说明nojump没弄对

嗯我试一试，感谢社长

作者
Author: uenh1998 时间: 2025-1-9 20:12

sobereva 发表于 2024-11-9 06:44
VMD里把盒子显示出来，一目了然
如果看到就是跨盒子导致的，说明nojump没弄对

社长还有一个问题，如果不是盒子的原因，且整个轨迹中只有个别几帧出现这种情况，其他的模拟从生理学等角度分析都合理。那么这个轨迹能用于论文发表么。需要注明什么吗。

例如我做的这个蛋白与离子的结合模拟，从RMSD来看有几帧偏大，查看轨迹就是某离子在这几帧出现异常。其他的都没问题。感谢社长。以下附图：

RMSD
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异常的上一帧
(, 下载次数 Times of downloads: 9)
异常帧
(, 下载次数 Times of downloads: 9)
异常的下一帧
(, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-10 00:30

uenh1998 发表于 2025-1-9 20:12
社长还有一个问题，如果不是盒子的原因，且整个轨迹中只有个别几帧出现这种情况，其他的模拟从生理学等角 ...

那样的图太难看
要么RMSD只分析蛋白部分，要么修正轨迹，让离子运动保持连续（nojump）

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Author: uenh1998 时间: 2025-1-10 00:54

sobereva 发表于 2025-1-10 00:30
那样的图太难看
要么RMSD只分析蛋白部分，要么修正轨迹，让离子运动保持连续（nojump）

感谢社长，计算RMSD的轨迹我已经对蛋白+配体（蛋白+离子）消除了平转动以及周期性。社长的意思是不是只需要单独对离子nojump一下就行了。

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