计算化学公社

标题: 新人求gmx计算小体系相互作用的案例，要向对这方面不涉及的导师证明过程 [打印本页]

作者
Author: 2995907819 时间: 2024-11-8 13:33
标题: 新人求gmx计算小体系相互作用的案例，要向对这方面不涉及的导师证明过程
因为实验室没有涉及过量子化学计算，但是需要和其他实验室合作，让我去学习，让我先复现一个Coul和LJ结果，但是经过在公社的学习，逐渐发现这个文献数据或者参数有很大的问题（还找到了文献’致敬‘方向，大概率参数没写对，但另一篇体系太大），进行不下去了，想复现其他靠谱数据尽量齐全的体系，文献例子都可以，被折磨太久了，先跪谢各位老师了

作者
Author: Graphite 时间: 2024-11-8 16:43
"因为实验室没有涉及过量子化学计算"，跟量化没关系，是MD。

http://sobereva.com/678
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因

说实话大部分应用性计算的文章，或者实验文章带一部分计算的，根本没必要1:1复现。
最多看个结论、分析推论过程得了。又不是重要方法的原文献、具有高价值的综述。
实在复现不出来拉倒，也没必要因为信息不透明/别人的疏忽耗自己。

作者
Author: 2995907819 时间: 2024-11-8 18:32

Graphite 发表于 2024-11-8 16:43
"因为实验室没有涉及过量子化学计算"，跟量化没关系，是MD。

http://sobereva.com/678

之前文章里给的分子体系很小，一千多原子，盒子直径才2.2，用的截断却是2.5（和那个两万多原子体系的所有参数一样），体系分子数量和md图像明显数量比例都不符，计算出的数据和数据图只有一条数据对上，单位也错了，错误太多有点无从下手，然后找不到其他复现的例子，因为我能证明他错了可无法证明自己是对的，需要其他例子证明我的过程没问题，哪怕很简单一个例子，只要靠谱

作者
Author: Graphite 时间: 2024-11-9 00:20

2995907819 发表于 2024-11-8 18:32
之前文章里给的分子体系很小，一千多原子，盒子直径才2.2，用的截断却是2.5（和那个两万多原子体系的所有 ...

什么垃圾模拟，完全没有follow的必要。
还是想说这有点自证陷阱。

看起来也就是证明下学习成果，也不一定非得是这个体系。其实也未必要找这文章那文章，因为大部分文章多少都有点保留。算一个实验可测的物理量好了。

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