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标题: 求助：gromacs grompp生成ions.tpr时报错"No default Proper Dih. types"? [打印本页]

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Author: 灵芝5 时间: 2024-11-8 18:11
标题: 求助：gromacs grompp生成ions.tpr时报错"No default Proper Dih. types"?
老师好！

我用gromacs模拟2个蛋白和2个小分子的体系，使用CHARMM36-jul2022力场，给蛋白N端加NH2端基。加离子时使用gmx grompp -f ions.mdp -c all_new_water.pdb -p topol.top -o ions.tpr指令获得ions.tpr。

但是输入报错如下：

ERROR 1 [file topol_Protein_chain_A.itp, line 58911]:
No default Proper Dih. types

我看了报错的二面角是1个蛋白质中1号苯丙氨酸和2号脯氨酸之间的二面角。

我又试了给蛋白N端加NH3端基，再运行上面指令，没有报错。

请问这是因为苯丙氨酸的N端端基不能用NH2吗? 蛋白的itp、总top和力场文件上传到附件。

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