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标题: 求助:gromacs在完成nvt,npt后进入正式模拟的问题 [打印本页]

作者
Author:
linhan    时间: 2024-11-9 18:56
标题: 求助:gromacs在完成nvt,npt后进入正式模拟的问题
这是报错内容:
Fatal error:
Cannot find position restraint file restraint.gro (option -r).
From GROMACS-2018, you need to specify the position restraint coordinate files
explicitly to avoid mistakes, although you can still use the same file as you
specify for the -c option.
我在最后的md.mdp多定义了一行DPORSE,然后就出现报错,因为是我想加一点配体的位置限制。不清楚这是什么地方出问题,求助一下各位老师,拜托了。


作者
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student0618    时间: 2024-11-9 20:12
报错已经有写解决方法了,grompp 加 -r (结构的.gro)
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sobereva    时间: 2024-11-9 22:24
又是自带答案的提问
作者
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linhan    时间: 2024-11-13 15:00
student0618 发表于 2024-11-9 20:12
报错已经有写解决方法了,grompp 加 -r (结构的.gro)

是的,我后面补了在指令补了-r,但是跑出来的结果发现本应该对配体的限制,反而是蛋白不动了,从可视化轨迹和对配体、蛋白分别做rmsd看出来,不清楚是怎么回事?
作者
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student0618    时间: 2024-11-13 15:13
linhan 发表于 2024-11-13 15:00
是的,我后面补了在指令补了-r,但是跑出来的结果发现本应该对配体的限制,反而是蛋白不动了,从可视化轨 ...

你ligand的posre.itp include在哪?检查top 跟itp




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