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标题: 进行分子动力学模拟定义盒子，选择水模型时遇到问题 [打印本页]

作者
Author: lmtt 时间: 2024-11-10 18:27
标题: 进行分子动力学模拟定义盒子，选择水模型时遇到问题
各位老师们，我在使用gromacs进行生物体系（蛋白配体复合物）的分子动力学模拟时遇到以下几个问题：
1.在选择盒子时，十二面体是官网推荐的，我选择的十二面体，但是蛋白质没有位于盒子中心，这种情况对模拟有啥影响吗，那请问我应该继续用这个盒子还是选择别的？选择盒子有没有什么要求？
2.我使用的是Amber99SB+GAFF力场，请问水模型能否选择SPC？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-10 19:08
1 你必须修正盒子的unit representation才能看到处于中心

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里我专门讲了这点

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2 蛋白质部分建议用更好的AMBER14SB，结合TIP3P水模型（已知是AMBER14SB最好的组合）

作者
Author: lmtt 时间: 2024-11-11 16:51

sobereva 发表于 2024-11-10 19:08
1 你必须修正盒子的unit representation才能看到处于中心

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://w ...

好的，我试一试，谢谢老师！

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