计算化学公社

标题: 超算平台上传MS输入文件计算失败求助 [打印本页]

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Author: zyd 时间: 2024-11-10 21:25
标题: 超算平台上传MS输入文件计算失败求助
本帖最后由 zyd 于 2024-11-10 21:31 编辑

各位老师好。我想请教一下超算提交MS输入文件的一点问题（传统的gateway方法一直连接不上电脑）现在第一次用命令行提交也出现了问题，已经困扰我我两天了，夜不能寐。我把整个过程摆出来，希望大家看一下指点一下我。首先是我设置好了参数对输出文件进行了导出-然后上传到服务器计算-提交完马上就结束生成的.out文件是空文件。.log文件出现如下的提示“not keeping all the check files”。我咨询过超算平台的工程师人家说是输入文件地问题，但也不知道具体的问题。所以我想请教一下大家。非常感谢。这两天我都瘦了

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Author: hxd_yi 时间: 2024-11-12 11:39
提交命令是什么？把material_studio.slurm文件上传一下。

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Author: zyd 时间: 2024-11-30 21:26

hxd_yi 发表于 2024-11-12 11:39
提交命令是什么？把material_studio.slurm文件上传一下。

#!/bin/bash
#SBATCH -J MS_CASTEP
#SBATCH -p kshctest #队列名
#SBATCH -N 1 #使用计算节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=32 #单节点使用核心数

source /public/home/ac5jb9grtb/apprepo/materials_studio/2023-linux/scripts/env.sh

/public/home/ac5jb9grtb/apprepo/materials_studio/2023-linux/app/MaterialsStudio23.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np 32 1-opt

这是脚本文件，我知道哪里的问题了，就是输入名称那里（1-opt4这里的原因）

非常感谢您的帮助

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Author: Dreamcometure 时间: 2024-12-4 19:20
可以介绍一下超算平台吗，自己电脑算的太慢了，感谢你

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Author: zyd 时间: 2025-3-29 20:51

Dreamcometure 发表于 2024-12-4 19:20
可以介绍一下超算平台吗，自己电脑算的太慢了，感谢你

我也是新手，用的曙光智算。也是听别进介绍的

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Author: zhex 时间: 2025-9-30 10:24

zyd 发表于 2024-11-30 21:26
#!/bin/bash
#SBATCH -J MS_CASTEP
#SBATCH -p kshctest #队列名

/public/home/ac5jb9grtb/apprepo/materials_studio/2023-linux/app/MaterialsStudio23.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np 32 1-opt
老师，这个1-opt后面不用加.xsd吗我的脚本文件也有点问题，您能不能帮我也看看
/home/opt/BIOVIA/MaterialsStudio17.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np $NP Cu
我加.xsd日志就会报没有找到Cu.xsd.param,不加xsd的话就只有一行Run Castep: with seedname = Cu

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Author: zyd 时间: 2025-10-16 15:48

zhex 发表于 2025-9-30 10:24
/public/home/ac5jb9grtb/apprepo/materials_studio/2023-linux/app/MaterialsStudio23.1/etc/CASTEP/bin ...

我也是让人家超算管理员解决的（我也是曙光），这个不加.xsd没问题，可以正常运行的。但是我感觉下来就不像网关那样方便。但是有时候经常连不上，要刷新半天才行，不知道别的平台是不是也会这样

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