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标题: 求助为什么用Molclus调用xtb在GFN0-xTB下做批量优化时traj.xyz无法识别 [打印本页]

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Author: 科研小白0126 时间: 2024-11-11 00:00
标题: 求助为什么用Molclus调用xtb在GFN0-xTB下做批量优化时traj.xyz无法识别
本帖最后由科研小白0126 于 2024-11-11 10:45 编辑

各位老师好，我最近在学习sob老师的使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索(http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html)，想要通过Molclus结合xtb去进行构象搜索，但是在第二步./molclus的时候出现了下面这种情况，我看了我的轨迹并没有跑散，这是什么原因导致的，我的md.inp用的sob老师案例里的写的，望各位老师能给予指导,谢谢各位老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-11 03:01
上传压缩后的traj.xyz、molclus的settings.ini
截图别就截那么一丁点

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2024-11-11 09:55

sobereva 发表于 2024-11-11 03:01
上传压缩后的traj.xyz、molclus的settings.ini
截图别就截那么一丁点

好的老师，已上传，我在vmd中看不出他跑散呀

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Author: sobereva 时间: 2024-11-11 10:19

科研小白0126 发表于 2024-11-11 09:55
好的老师，已上传，我在vmd中看不出他跑散呀

仍然没给更完整的截图
谁也没说和什么跑散有任何关联，别胡思乱想
没事甭用GFN0-xTB，精度太糙。对普通有机体系，用这个甚至还不如用GFN-FF

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Author: 科研小白0126 时间: 2024-11-11 10:47

sobereva 发表于 2024-11-11 10:19
仍然没给更完整的截图
谁也没说和什么跑散有任何关联，别胡思乱想
没事甭用GFN0-xTB，精度太糙。对普通 ...

老师我上传了之前错误的完整截图，这是因为我精度不够造成的吗，之前看也有人在论坛里发过类似的，有人建议降低温度，您看这样有用吗

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Author: sobereva 时间: 2024-11-12 11:16

科研小白0126 发表于 2024-11-11 10:47
老师我上传了之前错误的完整截图，这是因为我精度不够造成的吗，之前看也有人在论坛里发过类似的，有人建 ...

traj.xyz文件末尾不完整。用文本编辑器打开拉到最后便知

并且看此文了解xyz格式
谈谈记录化学体系结构的xyz文件
http://sobereva.com/477

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