计算化学公社

标题: 在VMD中批量将载入分子变成GaussView风格，以及给之批量加上483博文相同设置的等值面 [打印本页]

作者
Author: 周小群 时间: 2024-11-11 20:59
标题: 在VMD中批量将载入分子变成GaussView风格，以及给之批量加上483博文相同设置的等值面
本帖最后由周小群于 2024-11-11 20:58 编辑

在VMD中将载入分子批量更改成GaussView风格，以及在此基础上批量绘制483博文中给的效果极佳的等值面图

前置配置：在运行之前，一定要按照 Sob 老师的 652 博文 http://sobereva.com/652 中的指导，配置好文中提供的 gview_color.tcl 文件。
（此外，我也强烈推荐按照 545 博文《VMD 初始化文件 (vmd.rc) 我的推荐设置》http://sobereva.com/545，来配置vmd.rc 文件）

安装脚本：将附件 gv.tcl 下载并放到 VMD 文件夹里，然后在 vmd.rc 文件末尾加上 source gv.tcl 后保存即可。

脚本主要功能：可以对当前在 VMD 主界面已加载的所有分子进行批量设置
1）输入 gv
批量按照 Sob 老师的 652 博文《在 VMD 中使用 GaussView 的元素着色的方法》中文末提到的方式（稍作参数和显示设置调整），将 VMD 的显示改为尽量接近 GaussView 的分子绘制效果。
2）输入 gv 后再输入 gv_cub
如果是加载的.cub 文件，输入gv_cub 会批量绘制出 Sob 老师 483 博文《在 VMD 里将 cube 文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法》中的正负等值面效果（我的 isoval 默认值为 0.005）。
3）自定义等值面值
如果不满意 gv_cub 的默认等值面值 0.005，输入 gv_cub 0.007 或 gv_cub 0.05 等命令，即可批量生成以指定值为等值面的显示效果。

这个 tcl 脚本蛮简单的，我加上了相对详细的注释，也希望各位大佬能在此基础上进一步增减和修改功能，期待和大家多多交流学习！作为刚入门的小白，使用这个脚本确实帮我省了不少时间，算是在 Sob 老师的 652 和 483 博文基础上进行了一点小小的扩展吧。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)