计算化学公社

标题: 请教文献的二面角扫描图的疑问 [打印本页]

作者
Author: yzh 时间: 2024-11-12 15:57
标题: 请教文献的二面角扫描图的疑问
最近看了一篇文献提到的一个二面角能量扫描，文中未说明是刚性还是柔性扫描。
1、从文中中的叙述可以看到应该是扫描TTO和TTI两个分子（图Fig4a）；
2、扫描的二面角推测是氯代噻吩和并二噻吩之间的二面角（TTO分子~0.05度，TTI分子~67度）；
3、TTO和TTI的二面角-能量扫描图（Fig4b）
（The twisted structure of TTI leads to a more disordered arrangement and structural isomers, which can be seen from the total energy scans of the rotamers of TTO and TTI, as shown in Figure 4b.）
相关疑问如下：
1、Fig4b的二面角-能量扫描是刚性扫描还是柔性扫描；
2、TTO和TTI分子中的氯代噻吩和并二噻吩之间的二面角扫描是左右两个二面角，还是只是选择其中一个二面角进行扫描（左右两个二面角的初始结构度数略有差异）；
3、如果是柔性扫描，扫描0-360度，间隔10度,37个分子的计算量大么？
谢谢！

作者
Author: cokie 时间: 2024-11-12 16:17
扫一整圈，建议刚性扫描，因为这种做“构象锁”的研究，都只是要看做出来的“锁”是不是能把分子“关”在势能面最低点，所以扫的势能面肯定是越“陡峭”越好。
扫单个角还是两个一起扫，对于这种对称分子和他的研究目的，其实没太大区别，顶多就是势能面的“深浅”有所变化，但是变化趋势是相同的。
扫一圈柔性=37个分子的限制性优化，你可以根据你电脑的配置自行判断。

作者
Author: yzh 时间: 2024-11-12 16:37

cokie 发表于 2024-11-12 16:17
扫一整圈，建议刚性扫描，因为这种做“构象锁”的研究，都只是要看做出来的“锁”是不是能把分子“关”在势 ...

非常感谢，做出来的刚性扫描结果和fig4b对不上；应该是柔性扫描。但用B3LYP/6-31Gd扫柔性，应该还是费时间的。
如果想做柔性扫描，可否用PM7方法的结果是否也能说明问题？
谢谢！

作者
Author: cokie 时间: 2024-11-12 18:02

yzh 发表于 2024-11-12 16:37
非常感谢，做出来的刚性扫描结果和fig4b对不上；应该是柔性扫描。但用B3LYP/6-31Gd扫柔性，应该还是费时 ...

扫描结果如果只是数值对不上，那有可能他扫描的时候带了溶剂没写。
PM7也可以扫，但如果是图中fig4h里这么大的分子，即使用PM7做柔性扫描也够喝一壶。

作者
Author: yzh 时间: 2024-11-12 20:32

cokie 发表于 2024-11-12 18:02
扫描结果如果只是数值对不上，那有可能他扫描的时候带了溶剂没写。
PM7也可以扫，但如果是图中fig4h里这 ...

谢谢，不至于，大概120个原子，PM7试试就行，只要能说明问题就行，文献也没说采用DFT进行扫描，

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