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标题: 优化三个分子1：3：1比例的时候segmentation violation报错求助 [打印本页]

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Author: TRNA 时间: 2024-11-13 09:59
标题: 优化三个分子1：3：1比例的时候segmentation violation报错求助
请教各位老师，在优化三个分子1：3：1比例的时候计算四个小时后出现segmentation violation报错，输入文件如下：

%chk=x.chk
%mem=30GB
%NPROC=30
# opt freq b3lyp/6-31+g(d,p)

Title Card Required

0 1
O                -7.42899960 0.65123905 2.71267048
O                -6.38259154 -3.92165145 4.03404651
C                -6.58449725 -0.35016962 -0.71301317
C                -7.16020084 0.38192326 0.36924834
C                -6.86543431 0.03202421 1.71649693
C                -5.94767840 -0.99656233 1.93087124
O                -5.51331307 -1.52621716 3.07235872
C                -5.36145372 -1.59359609 0.87523318
C                -4.26911410 -2.43953821 1.35973840
C                -4.69652648 -2.72931591 2.80166007
C                -5.49625682 -4.05513169 2.91982172
C                -6.23176683 -4.42980118 1.62735085
C                -5.51990041 -4.34412381 0.45873531
C                -4.13474999 -3.64056775 0.45030674
H                -3.34924559 -4.29011371 0.77584957
C                -3.85324266 -3.12839386 -0.98869570
N                -2.64409168 -2.26310891 -0.98876755
C                -2.42816471 -1.76740183 -2.35571108
C                -2.77809266 -1.11451181 -0.08975394
C                -2.99588565 -1.60467682 1.34659543
C                -5.15218766 -2.39784067 -1.48546429
C                -5.70967121 -1.41376627 -0.42880943
H                -7.21652756 0.40172538 3.61499902
H                -6.99684106 -3.20235719 3.86996893
H                -6.82293207 -0.09921941 -1.72547268
H                -7.82345832 1.19645905 0.16550063
H                -3.88782293 -2.84272209 3.49306087
H                -4.81807523 -4.86632192 3.08399231
H                -7.23827084 -4.79264322 1.64188798
H                -5.91593521 -4.76161812 -0.44334612
H                -3.66409560 -3.94397732 -1.65499538
H                -2.30675884 -2.59672385 -3.02083655
H                -1.54816837 -1.15917565 -2.37968843
H                -3.27238037 -1.18548661 -2.66159428
H                -1.88740109 -0.52306672 -0.13174632
H                -3.61521565 -0.52180113 -0.39441100
H                -2.16632898 -2.19516202 1.67531891
H                -3.10591671 -0.76069309 1.99504096
H                -4.95489657 -1.89167263 -2.40729731
H                -5.90379578 -3.14472299 -1.63436568
C                -4.44404460 0.04569846 3.39866921
C                -4.82261017 0.46580557 2.16709334
C                -5.86089559 1.32654095 2.03422779
C                -6.23945721 1.74664121 0.80264654
C                -5.57973067 1.30601472 -0.29607228
C                -4.54143631 0.44528051 -0.16320227
C                -4.16287585 0.02517928 1.06838377
O                -3.47991498 -0.75355219 3.52202429
O                -5.07751868 0.46878891 4.45370454
C                -5.95830703 1.72613807 -1.52764895
C                -5.29860379 1.28552561 -2.62638573
H                -6.38178574 1.67443671 2.90171363
H                -7.05923753 2.42623365 0.69774816
H                -4.02053978 0.09737632 -1.03068726
H                -3.34309506 -0.65441533 1.17329561
H                -4.80933405 0.17117895 5.32611778
H                -6.77809965 2.40572919 -1.63252935
H                -5.59752048 1.61723900 -3.59876497
H                -4.47881385 0.60593299 -2.52151973
C             -10.09715137 0.71512327 2.07195387
C             -11.42934624 0.82970219 2.29263551
C             -12.14344746 -0.16485728 3.22671714
C             -12.13312573 1.81949171 1.69132619
O                -9.51362912 1.52778947 1.30864118
O                -9.42136326 -0.23527493 2.64938972
H             -12.49109444 -1.00177831 2.65785952
H             -11.45992017 -0.50296547 3.97729914
H             -12.97548358 0.31914606 3.69399915
H             -13.18496686 1.90994286 1.86554204
H             -11.63695670 2.51053122 1.04234269
H                -8.47766380 -0.31645949 2.49305988
C                -8.55106335 -6.24918590 2.39079501
C                -9.21902648 -6.60949287 3.51354878
C                -8.43921803 -6.95975223 4.79449169
C             -10.57321617 -6.66156944 3.50906888
O                -9.18826953 -5.96301597 1.34406395
O                -7.25073456 -6.19913795 2.39512075
H                -8.22052539 -8.00712123 4.80376163
H                -7.52501438 -6.40428036 4.81863124
H                -9.03029535 -6.71121426 5.65108512
H             -11.10060852 -6.94607690 4.39553104
H             -11.11502920 -6.41818130 2.61906903
H                -6.77755017 -5.94391843 1.59978551
C                -3.46273020 -4.57628159 -2.87480602
C                -3.68392974 -5.82844610 -3.34355613
C                -3.17281767 -7.04773573 -2.55381262
C                -4.35490655 -6.00763084 -4.50727634
O                -3.88033939 -3.57994032 -3.52015668
O                -2.81847977 -4.40423592 -1.75734454
H                -2.18349830 -7.29391855 -2.87867480
H                -3.15783073 -6.81547955 -1.50943122
H                -3.82200048 -7.88097387 -2.72460985
H                -4.52953188 -6.99627669 -4.87739486
H                -4.71005157 -5.16046092 -5.05597846
H                -2.66176760 -3.51723079 -1.42528762

想问一下如果想优化两个分子之间的不同比例的稳定结构然后计算结合能的话，用高斯是不是不合适，是否有更合适的软件，谢谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-11-13 10:01
上传完整输出文件

作者
Author: TRNA 时间: 2024-11-13 10:20
本帖最后由 TRNA 于 2024-11-13 10:22 编辑

报错部分的截图。

作者
Author: TRNA 时间: 2024-11-13 10:21

wzkchem5 发表于 2024-11-13 10:01
上传完整输出文件

您好，输出文件太大不能上传，这是报错部分的截图。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-11-13 10:37

TRNA 发表于 2024-11-13 03:21
您好，输出文件太大不能上传，这是报错部分的截图。

报错信息说得很清楚了，FormBX had a problem。这是因为三个原子共线导致的，解决方法在论坛上一搜就有

作者
Author: TRNA 时间: 2024-11-13 10:44

wzkchem5 发表于 2024-11-13 10:37
报错信息说得很清楚了，FormBX had a problem。这是因为三个原子共线导致的，解决方法在论坛上一搜就有

好的老师，我去搜索一下解决方法，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-13 14:37

TRNA 发表于 2024-11-13 10:21
您好，输出文件太大不能上传，这是报错部分的截图。

论坛首页公告栏、置顶的社员必读贴明确说了，超过500KB的文本文件必须压缩后再试图上传

优化分子复合物用B3LYP不带色散校正完全不能接受，好好看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413

内存甭给得那么抠，看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

作者
Author: TRNA 时间: 2024-11-13 17:51

sobereva 发表于 2024-11-13 14:37
论坛首页公告栏、置顶的社员必读贴明确说了，超过500KB的文本文件必须压缩后再试图上传

优化分子复合 ...

收到，谢谢老师！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)