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标题: fchk文件转换：超算计算完的chk文件用formchk显示命令不存在 [打印本页]

作者
Author: chenbomm 时间: 2024-11-13 15:01
标题: fchk文件转换：超算计算完的chk文件用formchk显示命令不存在
问题：超算平台计算完的chk文件用formchk转换，显示命令不存在
解决方法：在超算中心是用sbatch提交运行高斯，通过formchk命令转换成fchk文件，再去multiwfn中分析，可以直接在脚本最后一行加“formchk 1.chk”。我成功的前提：高斯是管理员给安装的，在我能查看的文件里，没有找到高斯，看到sob老师有说formchk要在gauss同目录下运行，所以我觉得既然脚本能执行g16 1.gjf，那么后面加一句formchk应该可以（这一切的前提是高斯里formchk命令没有问题）
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作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-11-13 15:12
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-11-13 15:16 编辑

“sob老师有说formchk要在gauss同目录下运行”这话是不对的，Sob也没说过这种话，这是你的解读或摘抄，后人小白读者一不小心就解读错了。正确的意思是，当正确设置了Gaussian环境变量，可以在任何目录下使用g16可执行程序运行gjf任务（像g16 h2o.gjf，而不需要/opt/g16/g16等麻烦的绝对路径），可以在任何目录下使用formchk小程序将chk文件转化为fch文件（而不需要/opt/g16/formchk等麻烦的绝对路径）。当然了，还有个前提是gjf/fch文件是真实存在的。

你当前所在超算上Gaussian环境变量是集群管理员设置的，他设置后，可以让你们用户通过module load gaussian/g16.C01加载Gaussian环境变量，从而使用Gaussian做计算。既然你能用g16、却不能用formchk，说明管理员设置的Gaussian环境变量不合理，不是你的问题，解铃还须系铃人。为了让你们管理员不随意发挥，可以给他看点专业的博文/教程，例如《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》http://sobereva.com/439

作者
Author: zjy15993563801 时间: 2024-11-13 18:28
本帖最后由 zjy15993563801 于 2024-11-13 18:29 编辑

给你一个参考的，我只给你复制一部分，前半部分是分配资源的那些，我也是刚做好，相当于在正常的脚本后面加了一个if语句：
# 设置 Gaussian 文件名和路径
GJF=*.gjf
gaussbin=g16

# 加载 Gaussian 环境
source /public/software/gaussian/g16/bsd/g16.profile

# 修改输入文件的并行核数设置
sed -i "s/%nprocshared=[0-9].*//g" $GJF
sed -i "1i\%nprocshared=$SLURM_NTASKS" $GJF

# 运行 Gaussian 计算
$gaussbin $GJF

# 检查 Gaussian 作业是否生成了 .chk 文件并转换为 .fchk
if ls *.chk 1> /dev/null 2>&1; then
formchk *.chk
else
echo "Error: No .chk file found. Gaussian job might have failed."
fi

作者
Author: chenbomm 时间: 2024-11-13 20:25

zjxitcc 发表于 2024-11-13 15:12
“sob老师有说formchk要在gauss同目录下运行”这话是不对的，Sob也没说过这种话，这是你的解读或摘抄，后人 ...

特别感谢您的解答。最近才用的超算，fchk文件转换的问题困扰我很久，我是看到这句话才突然想到在脚本里加formchk，解决了我的问题，下次我会严谨一些

“
运行formchk xxx.chk就会将xxx.chk转化为xxx.fchk，formchk是Gaussian自带的自工具，就在Gaussian目录下”http://bbs.keinsci.com/thread-1924-1-1.html

作者
Author: chenbomm 时间: 2024-11-13 20:31

zjy15993563801 发表于 2024-11-13 18:28
给你一个参考的，我只给你复制一部分，前半部分是分配资源的那些，我也是刚做好，相当于在正常的脚本后面加 ...

谢谢你呀，写的很清楚明白

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