计算化学公社

标题: 求助电解液模拟后径向分布函数的第一溶剂化层位置相差较大 [打印本页]

作者
Author: saga 时间: 2024-11-13 15:48
标题: 求助电解液模拟后径向分布函数的第一溶剂化层位置相差较大
各位大神，本人用gromacs跑了LiTFSI+LiBOB/(PC+FEC)电解液的分子动力学，然后用gmx rdf -cn eq.xtc -s eq.tpr -ref "name Li" -sel "resname TFSI(BOB/FEC/PC)“ -seltype mol_com命令计算Li分别与TFSI/BOB/FEC/PC的径向分布函数和配位数，但是做图显示径向分布函数的第一溶剂化层位置相差较大，而很多文献中显示基本都在同一横坐标，我这个结果有问题吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-13 23:33
别自己在标题里手写[GROMACS] 这种标签，给你去了，以后注意

没有-sel "resname TFSI(BOB/FEC/PC)这种写法，不要造成歧义

弄清楚文献的rdf的定义和你算的是否一致，是基于质心算的还是原子算的，等等
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/678（http://bbs.keinsci.com/thread-38911-1-1.html）

作者
Author: saga 时间: 2024-11-14 09:59
感谢 sob老师的解答，下次发文的时候也一定注意格式。
我看了一下，文献中的都是基于原子的，我这个是参考GROMACS培训班中的一个命令，参考为Li原子，而被统计的分子为质心，所以才与文献中的不一样吧。
另外，还有一个问题想请教sob老师，如果是基于原子算的，那么如何区分这个原子是属于哪个分子呢！
谢谢！

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