计算化学公社

标题: 求助：使用Multiwfn通过单位球面表示法图形化超极化率张量的显示问题 [打印本页]

作者
Author: lanyangyang 时间: 2024-11-13 17:39
标题: 求助：使用Multiwfn通过单位球面表示法图形化超极化率张量的显示问题
本帖最后由 lanyangyang 于 2024-11-14 09:38 编辑

各位老师好，我在用使用Multiwfn通过单位球面表示法图形化超极化率张量时，我画出来的图为什么结构不在单位球面的中心，结构并没有由超极化率张量的箭头环绕着？以及几何结构太大，调整sphere scale也只是原子变小了，如何让结构整体尺寸变小。求各位老师指点一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-14 05:34
没有操作细节、具体输入文件没法说

当前只能告诉你，认真看清楚下文每一步操作，以及用的都是什么文件
使用Multiwfn通过单位球面表示法图形化考察（超）极化率张量
http://sobereva.com/547（http://bbs.keinsci.com/thread-16960-1-1.html）

作者
Author: lanyangyang 时间: 2024-11-14 09:36

sobereva 发表于 2024-11-14 05:34
没有操作细节、具体输入文件没法说

当前只能告诉你，认真看清楚下文每一步操作，以及用的都是什么文件

sob老师，具体操作完全按照你的博文来操作的，所需要的输入文件已附上，您看看这是什么原因导致的

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-14 11:20

lanyangyang 发表于 2024-11-14 09:36
sob老师，具体操作完全按照你的博文来操作的，所需要的输入文件已附上，您看看这是什么原因导致的

把输入的每一条命令完整贴出来

作者
Author: lanyangyang 时间: 2024-11-14 16:12

sobereva 发表于 2024-11-14 11:20
把输入的每一条命令完整贴出来

1.  先在Multiwfn里导入polar.out文件，输入24  //（超）极化率分析
2.  输入1  //解析Gaussian的polar任务的输出（我要解析静态beta，所以省略了博文里输入-1那步）；然后输入-4  //要求程序解析后把（超）极化率导出成当前目录下的.txt文件
3.  输入1 //开始解析。文件夹生成了alpha和beta文件
4.  重启Multiwfn，载入polar任务的out文件，输入24，输入5
5.  输入2，目录下生成了beta.tcl和beta_vec.tcl文件
6.  输入0  //退出当前功能继续输入0  //返回到主菜单
7.  输入100，输入2
8.  输入1，导出pdb文件
9.  将beta.tcl和beta_vec.tcl文件拷到VMD目录下，启动VMD，然后在文本窗口输入source beta.tcl命令，再输入source beta_vec.tcl。最后，将pdb拖到VMD的VMD Main窗口里载入，然后选Graphics - Representation，把Drawing method设为CPK

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-15 11:42

lanyangyang 发表于 2024-11-14 16:12
1. 先在Multiwfn里导入polar.out文件，输入24 //（超）极化率分析
2. 输入1 //解析Gaus ...

通过界面里的-1 Set sphere radius选项，可以把球型尺寸改大

你用了nosymm，而且gjf里体系中心又不在原点，所以才会偏离。gview里显示笛卡尔坐标轴便知
可以用下文的功能让pdb里的体系居中，导出新的pdb，然后再放到VMD里显示
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

作者
Author: lanyangyang 时间: 2025-6-10 17:51

sobereva 发表于 2024-11-15 11:42
通过界面里的-1 Set sphere radius选项，可以把球型尺寸改大

你用了nosymm，而且gjf里体系中心又不在 ...

sob老师，我把polar任务的gjf文件中的坐标取自几何优化任务输出文件中的标准朝向下解决了这个问题，我还有两个问题想向您请教
1、球面表示法图形化超极化率时，应用于静态beta情况下，这个绿色箭头的矢量表示的是什么，是这个体系的诱导偶极矩吗
2.我做了三个D-A结构，它们的球面表示法如下图，为什么一样的体系矢量箭头不应该都是指同一个方向吗，我这其中两个结构是矢量箭头是由D到A方向，而有一个却是由A到D，这是什么原因，麻烦您帮我看看，输入输出文件附下

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-10 22:03

lanyangyang 发表于 2025-6-10 17:51
sob老师，我把polar任务的gjf文件中的坐标取自几何优化任务输出文件中的标准朝向下解决了这个问题，我还 ...

使用Multiwfn通过单位球面表示法图形化考察（超）极化率张量
http://sobereva.com/547（http://bbs.keinsci.com/thread-16960-1-1.html）
上文明确说了

上图中的绿色箭头体现了(beta_X,beta_Y,beta_Z)矢量方向，亦即体现出了分子beta的整体取向。可见绿色箭头的方向和球面上所有箭头的总趋势（矢量和）相同，都是朝右。显然，这种矢量表示法所展现的信息远没有球面表示法那么丰富，细节无法体现。

体系明显不同，元素根本不一样

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)