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标题: 求助：甲醇/水/芳香烃液液混合扩散盒子搭建以及gromacs模拟 [打印本页]

作者
Author: chengzz 时间: 2024-11-13 20:26
标题: 求助：甲醇/水/芳香烃液液混合扩散盒子搭建以及gromacs模拟
体系：体积分数1%水、39%甲醇、60%对二甲苯（只考虑纯液体）
已知宏观状态下，水的含量以及温度会影响甲醇和对二甲苯的相溶性，我想通过分子模拟解释相关机理，以及对比甲醇和不同烷烃/芳香烃的相溶难易程度，主要想计算的盒子某一方向的分子数分布、MSD（从而计算扩散系数）、RDF、氢键的形成情况
1.搭建盒子时，是把三者全部混在一块按分子数比例填满盒子，还是分成两相（水+甲醇在一边，对二甲苯在一边）？
2.如果分成两相，是不是也需要跑一个平衡相之后再跑产生相（看sob老师多项混合体系模拟的例子都没有跑产生相）？
3.如果不跑产生相，是不是上述MSD、RDF的计算没有意义？
4.这个体系判断是否平衡，可以用什么指标？
5.除了上述我提到的，还可以分析什么数据？
6.按照sob老师在分子动力学培训班中的教程，使用sobtop产生的甲醇和对二甲苯的GAFF力场+RESP20.5电荷的拓扑文件，并将原子信息放到了gromacs的力场文件里调用，但如果计算中涉及到LJ参数、成键相关参数，这个时候还是不是用的GAFF力场计算的？
新人小白，好多问题可能很白痴，希望各位老师能够给点解答，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-14 05:44
1 无所谓，跑平衡了都一样
3 那些数据显然是对已经平衡的体系做的动力学来统计的，即对产生相过程进行统计
4 谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）
5 诸如某类分子周围其它某类分子的平均数目，等等
6 那叫RESP2(0.5)
要说具体、避免任何可能的歧义。估计你是想说sobtop给出的.top里的原子类型信息放到力场目录下的ffnonbonded.itp里的[atomtypes]中。
是GAFF力场

作者
Author: chengzz 时间: 2024-11-14 09:12

sobereva 发表于 2024-11-14 05:44
1 无所谓，跑平衡了都一样
3 那些数据显然是对已经平衡的体系做的动力学来统计的，即对产生相过程进行统计 ...

谢谢sob老师的及时解答
6.是的，还是老师的表达更清晰准确
老师，还有一个问题
1.我是100个水分子、1730个甲醇分子、880个对二甲苯分子，一共26520个原子，放在50*50*100nm的盒子里，产生相我用的Parrinello-Rahman压浴，已经把tau_p设置到4.0（设置小了模拟会崩溃），这样正常吗？会不会对结果影响比较大？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-14 11:22

chengzz 发表于 2024-11-14 09:12
谢谢sob老师的及时解答
6.是的，还是老师的表达更清晰准确
老师，还有一个问题

偏大
可以尝试更理想的c-rescale压浴。若必须PR压浴，也可以其它压浴跑一阵子等体系确实稳定后再用PR压浴

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