计算化学公社

标题: 关于Gaussian定量计算弱相互作用问题的审稿人回复 [打印本页]

作者
Author: 听风Z 时间: 2024-11-14 17:13
标题: 关于Gaussian定量计算弱相互作用问题的审稿人回复
本帖最后由听风Z 于 2024-11-14 17:13 编辑

各位老师好，我们目前在做一项关于两个小分子（Cpd-1077和Cpd-1030）对其相应蛋白受体（SGLT2和SGLT1）的选择性结合机制的研究，主要研究其结合的弱相互作用（π-π堆积和氢键）。
其中QMMM研究中我们主要优化了小分子-受体结构（小分子区域使用了b3lyp/6-31g**基组），分析其HOMO-LUMO轨道，根据其分布对比解释了氢键受体和供体出现的位置以及两个小分子与相应蛋白结合的关键位点。
审稿人给出的意见是“QMMM仅涉及定性分析，需要展开定量讨论”，请问这里是需要给出弱相互作用的具体数值吗（比如氢键能量），如果是的话该如何进行计算呢。QMMM分析使用了薛定谔软件，后来发现学校没有购买薛定谔，需要换其他软件计算，能否用Gaussian软件进行计算来回复审稿人的意见。希望各位老师能提供改进意见，谢谢。

作者
Author: xsc6 时间: 2024-11-14 22:20
http://sobereva.com/68 看看这个博文和里面的链接

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-15 12:29
把此文看了
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413

报道HOMO、LUMO对于讨论弱相互作用基本没价值

相互作用能肯定应当报道。怎么算弱相互作用能这种问题，论坛里有无数讨论，我回答过无数次，论坛首页google框搜。另外，北京科音中级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KBQC）专门有一节“弱相互作用的计算与相关问题”极度全面、详细讲解了弱相互作用计算的各种知识，并给了大量例子，可以一次性学个透彻。

并且结合下文的图形化分析极其有益，能明显令文章增色
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

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