计算化学公社

标题: 用amber中的tleap处理蛋白质复合物,建立体系时报错 [打印本页]

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wwwv    时间: 2024-11-14 19:13
标题: 用amber中的tleap处理蛋白质复合物,建立体系时报错
(, 下载次数 Times of downloads: 1) 总是出现无法找到原子的报错,配体没问题,蛋白质也是按照正常的处理步骤的,这是为什么啊,老师们。

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student0618    时间: 2024-11-14 19:46
本帖最后由 student0618 于 2024-11-14 19:47 编辑

提问时最好给你用的完整命令哦,最好也提供输入文件,不然很难帮忙的。
没人猜得到什么是正常的处理步骤的。

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wwwv    时间: 2024-11-14 19:56
student0618 发表于 2024-11-14 19:46
提问时最好给你用的完整命令哦,最好也提供输入文件,不然很难帮忙的。
没人猜得到什么是正常的处理步骤的 ...

感谢提醒
作者
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wwwv    时间: 2024-11-15 15:05
用的命令是tleap -f leap.in
leap.in文件内容如下 (, 下载次数 Times of downloads: 2)
蛋白质是用MOE进行了自动修正和修改质子化状态
配体是用orca计算的电荷
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数据挖掘    时间: 3 day ago
wwwv 发表于 2024-11-15 15:05
用的命令是tleap -f leap.in
leap.in文件内容如下
蛋白质是用MOE进行了自动修正和修改质子化状态

1. PEITI.frcmod 文件怎么来的?  
2. 报错的2个原子属于小分子的?
3. 需要通过mol2文件生成frcmod文件,为小分子建立合适的力场参数。
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wwwv    时间: 3 day ago
数据挖掘 发表于 2024-11-20 14:02
1. PEITI.frcmod 文件怎么来的?  
2. 报错的2个原子属于小分子的?
3. 需要通过mol2文件生成frcmod文 ...

PEITI.frcmod 文件  是通过parmchk2 -i PEITI.mol2 -f mol2 -o PEITI.frcmod  这个生成的,应该是蛋白质的错误
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数据挖掘    时间: 3 day ago
wwwv 发表于 2024-11-20 15:37
PEITI.frcmod 文件  是通过parmchk2 -i PEITI.mol2 -f mol2 -o PEITI.frcmod  这个生成的,应该是蛋白质 ...

可以把文件打包到百度云上,我来看一下
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wwwv    时间: 3 day ago
数据挖掘 发表于 2024-11-20 16:36
可以把文件打包到百度云上,我来看一下

刚问老师解决了,感谢感谢,是蛋白质末端有一个特殊的氨基酸,把他删掉就好了




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