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标题: Gromacs蛋白质与配体模拟,Backbone和配体的RMSD波动厉害,不知原因? [打印本页]

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停云云    时间: 2024-11-29 16:08
标题: Gromacs蛋白质与配体模拟,Backbone和配体的RMSD波动厉害,不知原因?
本帖最后由 停云云 于 2024-11-29 16:17 编辑

各位前辈好!
最近用Gromacs做蛋白质与配体的模拟,最开始跑100ns,Backbone的RMSD稳定,但是小分子相对于Backbone的RMSD在后期特别波动。查询无果后决定延长时间到200ns,如今两个RMSD在后期都出现特别不合理的波动(之前没有遇到过这样的情况)。本次模拟与之前不同之处有两个:1. 这个蛋白是一个三聚体,我先取了其中一个来模拟;2. 每一个蛋白单体有两个铁离子,由于没有弄明白如何跑金属蛋白,因此决定先删去铁离子试一下。
前两张图第1次跑100ns时Backbone的RMSD和小分子对Backbone的RMSD;后两张图第2次续跑100ns时Backbone的RMSD和小分子对Backbone的RMSD。如今不知该如何操作,望各位前辈指点迷津,万分感谢!

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student0618    时间: 2024-11-30 07:19
本帖最后由 student0618 于 2024-11-30 07:21 编辑

1. 周期性边界处理了吗?
2. 若铁离子对结合重要的话应当保留。
3. 也用如VMD检查轨迹,看看哪一帧开始跑掉。
4. 各种重要的结合位点检查加氢是否加对,有没有影响了氢键网络。

作者
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停云云    时间: 2024-12-2 10:40
student0618 发表于 2024-11-30 07:19
1. 周期性边界处理了吗?
2. 若铁离子对结合重要的话应当保留。
3. 也用如VMD检查轨迹,看看哪一帧开始跑 ...

谢谢前辈的回答,万分感谢!
1. 处理过了
2. 是的,我也正在考虑这个问题,但是由于之前加上铁离子体系老是崩溃,所以才考虑先不加铁离子
3. 之前查看过,看了之后不知道下一步该如何操作
4. 这个操作没有想到,谢谢前辈
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student0618    时间: 2024-12-2 19:44
3. 檢查出哪裏出問題了? 結構有什麼變化導致這個RMSD jump?
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停云云    时间: 2024-12-2 20:29
本帖最后由 停云云 于 2024-12-2 20:33 编辑
student0618 发表于 2024-12-2 19:44
3. 檢查出哪裏出問題了? 結構有什麼變化導致這個RMSD jump?

3. 一个最明显的感觉就是,小分子最开始在里面,然后动着动着就出来了
216/2000帧
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1522/2000帧
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student0618    时间: 2024-12-2 21:08
COO- 是不是和鐵離子結合的? 是的話沒鐵離子當然結合得不穩定。
有鐵離子崩潰的話要檢查一下崩潰的軌跡或者input有什麼問題。

也看看和Ligand有interaction的殘基發生什麼事。
VMD representation 加 same residue as (within 5 of resname 小分子名) 及 update selection every frame。
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student0618    时间: 2024-12-2 21:08
本帖最后由 student0618 于 2024-12-2 21:09 编辑

抱歉網絡問題重發了 麻煩管理員刪除
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停云云    时间: 2024-12-3 09:35
student0618 发表于 2024-12-2 21:08
COO- 是不是和鐵離子結合的? 是的話沒鐵離子當然結合得不穩定。
有鐵離子崩潰的話要檢查一下崩潰的軌跡或 ...

谢谢您的回答!铁离子与反应有关,那我还是把铁离子加上再试一试。
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pkuchemistry    时间: 2024-12-6 10:43
多看看背景文献,感觉小分子和位点结合不稳定,你得看你的对接结果到底有没有意义才跑MD。
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停云云    时间: 2024-12-6 15:47
pkuchemistry 发表于 2024-12-6 10:43
多看看背景文献,感觉小分子和位点结合不稳定,你得看你的对接结果到底有没有意义才跑MD。

好的,谢谢您!
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zhangs    时间: 2024-12-10 11:29
student0618 发表于 2024-12-2 19:44
3. 檢查出哪裏出問題了? 結構有什麼變化導致這個RMSD jump?

问下大佬  gromacs 分别算复合物,小分子,蛋白质的rmsd,应该怎么选呀
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student0618    时间: 2024-12-10 12:05
zhangs 发表于 2024-12-10 11:29
问下大佬  gromacs 分别算复合物,小分子,蛋白质的rmsd,应该怎么选呀

用 gmx make_ndx 分好組再用gmx rms算。
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zhangs    时间: 2024-12-10 13:06
student0618 发表于 2024-12-10 12:05
用 gmx make_ndx 分好組再用gmx rms算。

感谢大佬的回答,我还想问下,使用gmx rms命令时,需要选择两次 ,倘若分组配体(l),蛋白质(p),复合物(c),是不是算配体的rmsd两次都选择l,蛋白质两次都选p,复合物两次都选c?




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