student0618 发表于 2024-11-30 07:19
1. 周期性边界处理了吗?
2. 若铁离子对结合重要的话应当保留。
3. 也用如VMD检查轨迹,看看哪一帧开始跑 ...
student0618 发表于 2024-12-2 19:44
3. 檢查出哪裏出問題了? 結構有什麼變化導致這個RMSD jump?
student0618 发表于 2024-12-2 21:08
COO- 是不是和鐵離子結合的? 是的話沒鐵離子當然結合得不穩定。
有鐵離子崩潰的話要檢查一下崩潰的軌跡或 ...
pkuchemistry 发表于 2024-12-6 10:43
多看看背景文献,感觉小分子和位点结合不稳定,你得看你的对接结果到底有没有意义才跑MD。
student0618 发表于 2024-12-2 19:44
3. 檢查出哪裏出問題了? 結構有什麼變化導致這個RMSD jump?
zhangs 发表于 2024-12-10 11:29
问下大佬 gromacs 分别算复合物,小分子,蛋白质的rmsd,应该怎么选呀
student0618 发表于 2024-12-10 12:05
用 gmx make_ndx 分好組再用gmx rms算。
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