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标题: 求助：lammps计算msd的结果和VMD的趋势不同 [打印本页]

作者
Author: yeyeyeyeye 时间: 2024-11-15 16:57
标题: 求助：lammps计算msd的结果和VMD的趋势不同
体系为多孔碳材料吸附NaCl水溶液，5ns

通过lammps命令计算all的msd，一直上升，而通过VMD计算RMSD后平方，曲线后续进入非线性部分。
为什么两种曲线的趋势不相同，应该那种是对的？另外不太理解为什么lammps计算出的曲线一直上升。

作者
Author: thor 时间: 2024-11-15 21:57
计算all是所有的一起算？不应该分组计算？

作者
Author: sobereva 时间: 7 day ago
粒子如果能自由扩散，本来MSD就该一直上升

能用诸如gromacs的msd命令以更周全方式计算时，不建议用VMD的RMSD曲线取平方得到MSD曲线，因为此时没法自动考虑时间平均，统计误差大。

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