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标题: 服务器队列超时停掉的ORCA任务如何续算 [打印本页]

作者
Author: lemon_electron 时间: 2024-12-6 00:43
标题: 服务器队列超时停掉的ORCA任务如何续算
本帖最后由 lemon_electron 于 2024-12-6 00:43 编辑

如题，各位老师好：
最近刚开始学习用ORCA进行计算，用学校的公用服务器进行了任务提交，因为有时间限制，没算完的任务到了截止时间就被强制停掉了，任务文件夹里只有.out输出文件存在，这时候如果想接着上一步的坐标进行后续结构优化的话，需要提供什么关键词呢？

另外还有一个百思不得其解的问题：
两个相似初始结构的优化，用了同样的核数和内存，被提交到了不同节点上进行运算，发现两个任务scf优化时间存在4倍的差异。这可能是什么情况导致的呢？

作者
Author: wal 时间: 2024-12-6 09:55
后一个问题，可能有其他任务在抢资源

作者
Author: dnlx 时间: 2024-12-6 10:07
用out文件的最后一个坐标作为初猜结构，重新优化。

如果目录里面有gbw文件，可以改名为temp.gbw，作为波函数初猜。
!MOread
%moinp "temp.gbw"

作者
Author: lemon_electron 时间: 2024-12-6 10:19

dnlx 发表于 2024-12-6 10:07
用out文件的最后一个坐标作为初猜结构，重新优化。

如果目录里面有gbw文件，可以改名为temp.gbw，作为波 ...

明白了，谢谢老师

作者
Author: lemon_electron 时间: 2024-12-6 10:19

wal 发表于 2024-12-6 09:55
后一个问题，可能有其他任务在抢资源

那是有可能，原来如此

谢谢老师

作者
Author: lemon_electron 时间: 2024-12-6 11:17
本帖最后由 lemon_electron 于 2024-12-6 12:22 编辑

dnlx 发表于 2024-12-6 10:07
用out文件的最后一个坐标作为初猜结构，重新优化。

如果目录里面有gbw文件，可以改名为temp.gbw，作为波 ...

老师您好，想借楼再问一下，有个任务已经几何优化完成了（THE OPTIMIZATION HAS CONVERGED），在FINAL ENERGY EVALUATION AT THE STATIONARY POINT这一步运行起来之后提示了内存不足：
No memory left for COSX RHS. Increase the %MAXCORE available.
....
“ORCA finished by error termination in PROPINT”
然后中断了；
这样的情况下，最优解是不是拿目录文件下任务中断后生成的xyz文件坐标作为初始坐标，重新进行opt+freq，理论上重新收敛几步就好了？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-12-6 15:14

lemon_electron 发表于 2024-12-6 04:17
老师您好，想借楼再问一下，有个任务已经几何优化完成了（THE OPTIMIZATION HAS CONVERGED），在FINAL EN ...

对，并且按提示加大maxcore，不然还得报错

作者
Author: lemon_electron 时间: 2024-12-6 15:57

wzkchem5 发表于 2024-12-6 15:14
对，并且按提示加大maxcore，不然还得报错

好嘞

谢谢老师

作者
Author: dnlx 时间: 2024-12-6 23:35

lemon_electron 发表于 2024-12-6 11:17
老师您好，想借楼再问一下，有个任务已经几何优化完成了（THE OPTIMIZATION HAS CONVERGED），在FINAL EN ...

应该只进行freq，不要重新opt，否则白浪费时间。而且重新优化的时候如果不读取原来的波函数，对于难收敛的scf会多花很多时间；如果是找过渡态，重新进行OptTS，可能错过已经找到的结果。

作者
Author: lemon_electron 时间: 2024-12-7 00:33

dnlx 发表于 2024-12-6 23:35
应该只进行freq，不要重新opt，否则白浪费时间。而且重新优化的时候如果不读取原来的波函数，对于难收敛 ...

好的好的，谢谢老师！

作者
Author: lemon_electron 时间: 2024-12-7 13:17

dnlx 发表于 2024-12-6 23:35
应该只进行freq，不要重新opt，否则白浪费时间。而且重新优化的时候如果不读取原来的波函数，对于难收敛 ...

打扰老师了，想借楼再问一下，发现输出的 .xyz文件实际上是倒数第二套坐标，这套坐标走了一次scf收敛之后，提醒opt已经收敛，接下来又输出了一套坐标，如果我想直接只进行freq的话，应该用 .xyz中的，还是 .out中的最后一套坐标呢？

作者
Author: dnlx 时间: 2024-12-8 00:47
当然是xyz的，它是最终结果，而且更方便。out保存的坐标的有效数字少几位，但这不关键。

输入文件可以不写入坐标，而是引用坐标文件，这样不必每次优化的时候都改动输入文件。

*xyzFile 0 1 task.xyz *

作者
Author: lemon_electron 时间: 2024-12-8 11:06

dnlx 发表于 2024-12-8 00:47
当然是xyz的，它是最终结果，而且更方便。out保存的坐标的有效数字少几位，但这不关键。

输入文件可以不 ...

谢谢老师
这个是不是可以理解为，对于我之前提交的opt+freq任务，opt部分已经完成了并给出了这个任务的结果（xyz文件），但是在后一步进一步输出结果（轨道、能量）的时候内存不足了，所以只要freq一下，输出能量、轨道、频率就可以了；
这个情况可以同时读取xyz文件和gbw中的轨道来开启补充的freq任务吧？

作者
Author: lemon_electron 时间: 2024-12-8 12:11
本帖最后由 lemon_electron 于 2024-12-8 12:56 编辑

wzkchem5 发表于 2024-12-6 15:14
对，并且按提示加大maxcore，不然还得报错

zk老师您好，为什么这种情况下输出的 .xyz文件并不是out最后一套坐标呢？xyz这套坐标之后，几何优化收敛，接着FINAL ENERGY EVALUATION AT THE STATIONARY POINT这个提示词下给出了最后一套原子坐标（但后来maxcore不够崩掉了），是和 .xyz文件不同的。
如果是正常结束的一个任务（但不是基态优化，是做的一个tddft），最终输出的 .xyz文件里的坐标就是和FINAL ENERGY EVALUATION AT THE STATIONARY POINT这个提示词下给的坐标一致的。
所以应该以哪套坐标为准呢？
因为您回复我之后我试了一下用 .xyz作为初猜进行opt+freq，本以为很快就结束了，但走了30轮还没收敛，故有此疑问

@dnlx 艾特一下老师，谢谢两位老师的解答

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-12-8 16:35

lemon_electron 发表于 2024-12-8 05:11
zk老师您好，为什么这种情况下输出的 .xyz文件并不是out最后一套坐标呢？xyz这套坐标之后，几何优化收敛 ...

xyz里的坐标和out里的坐标有多大差别？

作者
Author: lemon_electron 时间: 2024-12-8 17:04

wzkchem5 发表于 2024-12-8 16:35
xyz里的坐标和out里的坐标有多大差别？

差别在 0.00 几 angstrom

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