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标题: 模拟液滴撞击金板，液滴不按照给定速度发展 [打印本页]

作者
Author: Layman 时间: 6 day ago
标题: 模拟液滴撞击金板，液滴不按照给定速度发展
各位老师，请教一下，我在gromacs中模拟液滴撞击金板时，将金板的下面几层冻结之后，给液滴初速度后，模拟中没有出现液滴撞击金板的行为（在不冻结金板下面几层时可以正常模拟）,请问这是什么原因呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 1)
mdp文件和top文件如下
md.mdp
define =
integrator = md
dt       = 0.001 ; ps
nsteps    = 100000
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 100
nstvout = 100
nstfout = 100
nstlog  = 100
nstenergy = 100
nstxout-compressed = 0
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
nstlist = 10
rlist = 1.2
cutoff-scheme = verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.2
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.2
DispCorr    = no
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  = fix
freezedim = Y Y Y
constraints = hbonds
（fix 为设定的冻结组）

topol.top
#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
#include "amber99sb-ildn.ff/spce.itp"

[ moleculetype ]
; molname nrexcl
AU       1

[ atoms ]
; id at type res nr  residu name at name  cg nr  charge mass
1    AU 1    AU       AU    1    0.0       196.9665

[ system ]
Au_plate in water

[ molecules ]
AU 19200
SOL       3935

作者
Author: sobereva 时间: 5 day ago
不要设对整体消平动

作者
Author: Layman 时间: 5 day ago

sobereva 发表于 2024-11-18 10:18
不要设对整体消平动

老师，我将整体消平动打开或关闭，模拟出来的结果是相同的，和帖子中所描述的情况相同

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