标题: 请问从pdb下载的结构，使用pdb2gmx产生的拓扑文件会有问题吗？如果会请问如何处理？ [打印本页] 作者Author: Nana_suki 时间: 2024-11-17 12:51 标题: 请问从pdb下载的结构，使用pdb2gmx产生的拓扑文件会有问题吗？如果会请问如何处理？ 各位老师好，我是gromacs小白，参考sob老师关于泛素模拟的教程模拟了纤维蛋白原（3GHG）在水中的运动情况。首先使用grep -v 去除了HETATM字段后按照教程中的命令进行能量最小化，但提示Listed nonbonded interaction between particles 7530 and 7533 at distance 4.452 which is larger than the table limit 2.050 nm.
搜索论坛后我发现这可能是因为拓扑文件出错，但一般似乎是发生在用sobtop等程序生成的小分子上，使用pdb2gmx产生的拓扑文件会有问题吗？如果会请问如何处理？
em结束后生成的蛋白质结构中出现了许多奇怪的结构，同时如果保存为pdb格式会发现蛋白质结构似乎破碎了。
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