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标题: gromacs熔融退火过程应该在什么系综中进行？ [打印本页]

作者
Author: youknowdcf 时间: 2024-11-18 14:26
标题: gromacs熔融退火过程应该在什么系综中进行？
各位老师同学好，我想要进行对聚苯乙烯纳米颗粒进行熔融退火，查阅一些文献发现退火过程是“真空条件下，熔点以上的温度NVT预平衡模拟10ns，然后在NVT系综下退火至玻璃化温度”，结束后在npt系综中进行溶剂化并平衡得到最终结构，我想知道这和npt系综中进行退火处理有什么区别吗？对于我这种目的，使用什么条件更合理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-19 08:26
孤立的纳米体系根本没法控压。如果是当非周期性计算，没盒子的概念；倘若你设了个盒子当三维周期性体系模拟，并且用了压浴，MD过程中盒子会逐渐收缩，然后纳米颗粒就和自己的镜像相互作用上了。仅当后面给周围加了水，成为了凝聚相之后，才能用NPT

作者
Author: youknowdcf 时间: 2024-11-19 08:48

sobereva 发表于 2024-11-19 08:26
孤立的纳米体系根本没法控压。如果是当非周期性计算，没盒子的概念；倘若你设了个盒子当三维周期性体系模拟 ...

明白了，谢谢sob老师，那我用NVT去退火操作。

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