计算化学公社

标题: 求与ORCA6配套的avogadro [打印本页]

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作者
Author: popeyezheung    时间: 2024-11-18 15:49
标题: 求与ORCA6配套的avogadro
由于不会**上网，无法访问orca论坛了。
烦请大神帮忙从orca论坛下载linux和windous版本的avogadro软件（与orca配套）

已搜索本论坛，发现以下两个。一个是16年的，一个是19年的。
想要一个与orca6.0配套的avogadro。：
Avogadro最新版本软件，带ORCA插件版本
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=50380
(出处: 计算化学公社)

Avogadro (ORCA enhanced version)
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 3&fromuid=50380
(出处: 计算化学公社)

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作者
Author: 牧生    时间: 2024-11-18 17:25


有了Multiwfn，没必要用这个avogadro

详见  http://sobereva.com/multiwfn/         http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html

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作者
Author: popeyezheung    时间: 2024-11-18 18:09

牧生 发表于 2024-11-18 17:25
有了Multiwfn，没必要用这个avogadro

详见  http://sobereva.com/multiwfn/         http://bbs.keinsci ...

谢谢。这是一个很好的建议。

求orca论坛上的avogadro是因为用它用习惯了。

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作者
Author: hebrewsnabla    时间: 2024-11-18 18:21


根本不存在与orca6.0配套的avogadro，orca4.2.1以后Avogadro (ORCA enhanced version)就再也没有更新过（但新的avogadro程序本身是有一定对于orca的支持的）。
参见这里的讨论 https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic.php?f=8&t=12486，https://orcaforum.kofo.mpg.de/vi ... lit=avogadro#p49058

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作者
Author: popeyezheung    时间: 2024-11-18 19:10

hebrewsnabla 发表于 2024-11-18 18:21
根本不存在与orca6.0配套的avogadro，orca4.2.1以后Avogadro (ORCA enhanced version)就再也没有更新过（但 ...

谢谢。由于很久无法打开orca论坛网页（ https://orcaforum.kofo.mpg.de/），所以以为随着orca6的发布也有配套新的avogadro版本。

由于你所提供的这两个网址无法打开（B。S。 一下所谓的科--------学--上--网），所以才冒昧地求个新版本的avogadro。
旧的（avogadro1.1.1）在使用，不知道什么原因，avogadro时不时地崩溃。

能不能麻烦你，提供一下与orca4.2.1配套的avogadro呢？

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作者
Author: hebrewsnabla    时间: 2024-11-18 19:26

popeyezheung 发表于 2024-11-18 19:10
谢谢。由于很久无法打开orca论坛网页（ https://orcaforum.kofo.mpg.de/），所以以为随着orca6的发布也有 ...

如果一定要用可以试试avogadro 2，虽然也有问题

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作者
Author: popeyezheung    时间: 2024-11-18 20:19

hebrewsnabla 发表于 2024-11-18 19:26
如果一定要用可以试试avogadro 2，虽然也有问题

已试过avogadro2，也体验了新的闪退。
一种新的体验，而且在extension里面缺少一部分功能。

所以转而还是寻求新一点的与orca配套的avogadro。

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作者
Author: popeyezheung    时间: 2024-11-18 20:19

hebrewsnabla 发表于 2024-11-18 19:26
如果一定要用可以试试avogadro 2，虽然也有问题

还是想用orca论坛所提供的avogadro的版本。

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作者
Author: dnlx    时间: 2024-11-18 22:16


我用的是ORCA论坛链接的Avogadro 1.2.0，用来搭建分子结构、测量键长键角、观察ORCA输出的xyz轨迹和out文件里面的振动，一直没问题，ORCA 6的输出也一样看。

Avogadro 2 观察振动不方便，在显示xyz轨迹的时候不能同时显示键长键角变化。

Avogadro崩溃的原因经常是，观察振动的时候只暂停而没停止，然后再打开另一个分子结构，就会崩溃。

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作者
Author: sobereva    时间: 2024-11-19 08:34
作为ORCA 3.0时代过来的长期使用ORCA的用户，我从未没意识到有任何用Avogadro的必要（界面不怎么样，还容易崩溃）。ORCA的前后处理有理想选择：
建模用gview最理想
看轨道用Multiwfn（http://sobereva.com/269）或Multiwfn+VMD（http://sobereva.com/447、http://sobereva.com/449）最快效果还最好
产生输入文件用Multiwfn最省事（http://sobereva.com/490）
看优化过程、振动分析结果，用OfakeG+gview（http://sobereva.com/498）非常方便和完美
各种振动谱、电子光谱、NMR谱的绘制用Multiwfn很完美（http://sobereva.com/224、http://sobereva.com/565）
动力学轨迹用VMD看

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作者
Author: popeyezheung    时间: 2024-11-19 09:30

sobereva 发表于 2024-11-19 08:34
作为ORCA 3.0时代过来的长期使用ORCA的用户，我从未没意识到有任何用Avogadro的必要（界面不怎么样，还容易 ...

很完美的回复。
谢谢。

我就想吃个山药蛋，解解饿。
大家都给我推荐满汉全席，我是吃呢，还是吃呢，还是吃呢？

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作者
Author: popeyezheung    时间: 2024-11-19 09:32

dnlx 发表于 2024-11-18 22:16
我用的是ORCA论坛链接的Avogadro 1.2.0，用来搭建分子结构、测量键长键角、观察ORCA输出的xyz轨迹和out文件 ...

orca论坛的链接打不开了。所以才想麻烦各位大神搬运一下。

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作者
Author: sobereva    时间: 2024-11-19 11:32

popeyezheung 发表于 2024-11-19 09:32
orca论坛的链接打不开了。所以才想麻烦各位大神搬运一下。

orca论坛始终正常
要以科研工作者的方式上网

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作者
Author: popeyezheung    时间: 2024-11-19 13:50

sobereva 发表于 2024-11-19 11:32
orca论坛始终正常
要以科研工作者的方式上网

说得好。

可我不会上网。

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作者
Author: DapengDing    时间: 2024-11-19 22:23


Windows平台，把卢老师写的这个应用OfakeG.exe和这个脚本run_out_files.bat与orca输出的.out文件放在同一个文件夹里，双击脚本文件自动批量转化为fake.out，然后用gview丝滑的狠。（http://sobereva.com/498）

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作者
Author: sobereva    时间: 2024-11-20 04:30

popeyezheung 发表于 2024-11-19 13:50
说得好。

可我不会上网。

早点解决，这是比用ORCA更迫在眉睫的事
否则对于做计算的人来说，完全就跟断了条腿一样，且如同井底之蛙

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作者
Author: wxyhgk    时间: 2024-11-20 09:44


点我链接下载就行了

版本1
https://pan.wxyhgk.com/d/local/Software/Chemistry/Avogadro/win/Avogadro-1.2.0n-win32.exe

版本2
https://pan.wxyhgk.com/d/local/S ... o2-1.99.0-win64.exe

个人推荐使用版本1，版本1 比 版本2 流畅，版本 2 有些 bug。

这个软件还可以，构建简单分子比 Gaussian view 方便，可以直接拖动

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作者
Author: popeyezheung    时间: 2024-11-20 20:23

wxyhgk 发表于 2024-11-20 09:44
点我链接下载就行了

版本1

谢谢。
版本1正是我所需要的。非常感谢。

我也尝试了版本2，用着不太习惯。

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作者
Author: popeyezheung    时间: 2024-11-20 20:31

DapengDing 发表于 2024-11-19 22:23
Windows平台，把卢老师写的这个应用OfakeG.exe和这个脚本run_out_files.bat与orca输出的.out文件放在同一个 ...

谢谢。

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