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标题: 求助不涉及共价键断裂的过渡态搜寻 [打印本页]

作者
Author: Kary 时间: 2024-11-18 16:12
标题: 求助不涉及共价键断裂的过渡态搜寻
本帖最后由 Kary 于 2024-11-19 09:53 编辑

最近在算这一结构的过渡态，已经尝试过QST2 QST3 的方法但是失败了。初态和末态的最主要区别在于Na原子配位方式的不同。尝试改变了杂环和糖环的二面角，在保持其他的位置不动的情况下，以初态结构为例使二面角6521为-12，勉强得到了一个过渡态，但是没有办法进行IRC计算。由此想请教各位大佬，这种情况下我应该如何找到其中的过渡态，或者有什么代替方法能够过的较为完整且合理的路径。谢谢各位！
初态 (, 下载次数 Times of downloads: 1)
末态 (, 下载次数 Times of downloads: 1)
暂时的ts (, 下载次数 Times of downloads: 1)

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Author: sobereva 时间: 2024-11-19 08:42
Gaussian明明是量子化学程序，相关问题别发到第一性原理版块，这次给你移动了，以后注意！

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Author: sobereva 时间: 2024-11-19 08:44
图中都没显示原子序号，说6521毫无意义
做柔性扫描试图寻找有意义的结构当过渡态，也可以尝试用ORCA或CP2K做NEB。很可能本身这就不是基元过程，而牵扯中间体，完全不适用QST2/3

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Author: Kary 时间: 2024-11-19 09:51

sobereva 发表于 2024-11-19 08:42
Gaussian明明是量子化学程序，相关问题别发到第一性原理版块，这次给你移动了，以后注意！

好的好的，谢谢老师，第一次发帖子没搞清楚，十分抱歉！

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Author: wzkchem5 时间: 2024-11-19 11:27
此外Na的配位数不可能这么低，应当对Na做显式溶剂化

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