计算化学公社

标题: 某几个二面角随模拟时间的变化如何计算 [打印本页]

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Author: Sunca 时间: 2024-11-19 15:47
标题: 某几个二面角随模拟时间的变化如何计算
本帖最后由 Sunca 于 2024-11-19 15:47 编辑

我想计算某几个二面角随模拟时间的变化，用什么命令计算？二面角的索引文件怎么写？

作者
Author: student0618 时间: 2024-11-19 20:21
本帖最后由 student0618 于 2024-11-19 20:30 编辑

个人比较喜欢用VMD算这个。VMD load好轨迹后快捷键4点四个原子，graphics-labels的视窗选dihedral，graph栏按graph。还可以很方便地作个二面角变化的动画。

GMX 可看看
https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-angle.html

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Author: sobereva 时间: 2024-11-20 05:19
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的ppt：
(, 下载次数 Times of downloads: 7)

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作者
Author: Sunca 时间: 2024-11-20 19:29
本帖最后由 Sunca 于 2024-11-20 19:31 编辑

sobereva 发表于 2024-11-20 05:19
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的ppt：

好的，谢谢sob老师.
我计算了两个二面角随时间的变化，想要以这两个数据为xy轴作自由能景观图，但是做出来的图xy轴标题不对而且没有刻度，具体操作如下
gmx trjconv -s gm_md.tpr -f gm_md.xtc -o fit_md.xtc -fit rot+trans -b 300000 -e 400000
gmx angle -f fit_md.xtc -n d_angle.ndx -od angdist_φ1.xvg -ov angle_φ1.xvg -type dihedral
gmx angle -f fit_md.xtc -n d_angle.ndx -od angdist_ψ1.xvg -ov angle_ψ1.xvg -type dihedral

然后把两个二面角xvg文件删除前面的注释后复制合并到一起，然后
gmx sham -tsham 298 -nlevels 100 -f angle_1.xvg -ls gibbs.xpm -g gibbs.log -lsh enthalpy.xpm -lss entropy.xpm
gmx xpm2ps -f gibbs.xpm -o gibbs.eps -rainbow red -frame
输出图片如下
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
1.如何得到下面这种xy轴的图片？
2.这个图跟马赛克一样，怎么像下面这种图片一样更精准
(, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-21 04:56

Sunca 发表于 2024-11-20 19:29
好的，谢谢sob老师.
我计算了两个二面角随时间的变化，想要以这两个数据为xy轴作自由能景观图，但是做出 ...

减小统计间隔，图像自然就细腻了

可以结合sigamplot绘制，如下文一样
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73

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