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标题: chemdraw画的结构使用chem3D打开差别太大 [打印本页]

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Author: milk_q 时间: 4 day ago
标题: chemdraw画的结构使用chem3D打开差别太大
本帖最后由 milk_q 于 2024-11-19 18:13 编辑

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大分子里的小分子药物用chemdraw中画出的这个结构在chem3D中显示成这样，这样后面半经验优化的也是错的
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怎么办，怎么修改或者有其他方法画含有800个原子初始结构吗？求助

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Author: sobereva 时间: 3 day ago
先用自带的MMFF94力场优化一下再说。结构严重扭曲的情况下，几乎所有量子化学方法都会优化出无意义的结构或者报错

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Author: sai77 时间: 3 day ago
你这两个结构完全对不上啊？上面跟长链连接的是五元环，数过来是[5666]并环，chem3D里是六元环连接，[6665]并环
F原子的位置也不对，连F的碳原子都成五根键了
下面的结构错得离谱

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Author: milk_q 时间: 3 day ago

sai77 发表于 2024-11-20 07:56
你这两个结构完全对不上啊？上面跟长链连接的是五元环，数过来是[5666]并环，chem3D里是六元环连接，[6665] ...

chemdraw画的 chemdraw3D自动生成的，结构没画错，但生成就是错的

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Author: milk_q 时间: 3 day ago

sobereva 发表于 2024-11-20 05:26
先用自带的MMFF94力场优化一下再说。结构严重扭曲的情况下，几乎所有量子化学方法都会优化出无意义的结构或 ...

sob老师像这种生成错误的用MMFF94和MM2优化都还是错的直接在chem3D里修改结构吗

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Author: sobereva 时间: 3 day ago

milk_q 发表于 2024-11-20 10:54
sob老师像这种生成错误的用MMFF94和MM2优化都还是错的直接在chem3D里修改结构吗

可以先手动适当调节，解决明显离谱的地方，然后再用力场优化

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Author: sai77 时间: 3 day ago
本帖最后由 sai77 于 2024-11-20 14:23 编辑

milk_q 发表于 2024-11-20 08:18
chemdraw画的 chemdraw3D自动生成的，结构没画错，但生成就是错的

怎么可能呢？chem3D虽然有时候不靠谱，但这种结构还不至于错这么离谱
这是我刚刚画好贴到chem3D里另存的输入文件

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