计算化学公社

标题: Gaussian16做含锰原子结构优化，分子构象成键变化太大 [打印本页]

作者
Author: pcw94121 时间: 4 day ago
标题: Gaussian16做含锰原子结构优化，分子构象成键变化太大
各位大佬好，最近在做含锰原子结构优化，对C、N、H用pbe1pbe/6-31G,Mn用LanL2DZ分析计算，发现分子成键形式改变巨大，最后计算报错，请问怎么解决？

输入文件118.gif

输出.out文件上传不了，放个原子构象截图

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 4 day ago
先不说侧链有没有考虑过构象搜索，中间这扭曲如藤蔓般的结构究竟是哪来的，看了半天愣是没认出来卟啉环配体……

作者
Author: zjxitcc 时间: 4 day ago
是gjf，不是gif；基组写错了；没给Mn定义赝势。急需仔细阅读Sob老师这篇博文
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

作者
Author: sobereva 时间: 3 day ago
另外，没事甭用过时的Lanl2DZ，仔细看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373（http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html）

用6-31G完全是开玩笑。好好看下文了解常识
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

作者
Author: pcw94121 时间: 3 day ago

zjxitcc 发表于 2024-11-19 20:05
是gjf，不是gif；基组写错了；没给Mn定义赝势。急需仔细阅读Sob老师这篇博文
详解Gaussian中混合基组、自 ...

好的，我没有太懂混合基组就把sob老师的案例抄了下来。请问我用6-311G*定义CHNO，用SDD定义Mn可以吗？

作者
Author: pcw94121 时间: 3 day ago

sobereva 发表于 2024-11-20 05:28
另外，没事甭用过时的Lanl2DZ，仔细看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373（http://bbs.keinsci ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: fatpig 时间: 3 day ago
不想用混合基组，就直接 def2svp 搞定...

作者
Author: zjxitcc 时间: 3 day ago

pcw94121 发表于 2024-11-20 09:32
好的，我没有太懂混合基组就把sob老师的案例抄了下来。请问我用6-311G*定义CHNO，用SDD定义Mn可以吗？

可以。不过不要再写一些6-31*G之类不存在的东西了（就在你上传的附件里1188.gjf有），提交计算前先仔细阅读3L和4L推荐的博文，抄也要理解了再抄。

作者
Author: pcw94121 时间: 3 day ago

zjxitcc 发表于 2024-11-20 11:36
可以。不过不要再写一些6-31*G之类不存在的东西了（就在你上传的附件里1188.gjf有），提交计算前先仔细阅 ...

好的感谢感谢，是因为在gaussian16里面的是6-31G+吗？我看很多地方都是6-31G*

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 3 day ago

pcw94121 发表于 2024-11-20 12:12
好的感谢感谢，是因为在gaussian16里面的是6-31G+吗？我看很多地方都是6-31G*

6-31+G那个+是弥散函数，6-31G*的*是极化函数，不是一个概念也不能混淆、写错。推荐读一读
基组入门资料小合集，另外也参加一个科音的初级量子化学培训班。

还是挺好奇你输入文件里的初始结构是怎么构建/获取的，实在不符合化学直觉……

作者
Author: kimariyb 时间: 3 day ago
你结构优化成这样的原因是你没有定义赝势，用了赝势基组不定义赝势当然不对。你实在不知道就写 def2SVP，省这么多麻烦事

作者
Author: pcw94121 时间: 3 day ago

kimariyb 发表于 2024-11-20 12:18
你结构优化成这样的原因是你没有定义赝势，用了赝势基组不定义赝势当然不对。你实在不知道就写 def2SVP，省 ...

好的感谢感谢

作者
Author: zjxitcc 时间: 3 day ago

pcw94121 发表于 2024-11-20 12:12
好的感谢感谢，是因为在gaussian16里面的是6-31G+吗？我看很多地方都是6-31G*

我求求你不要再自己创造基组了。再次强调，先仔细阅读3L和4L推荐的博文。

作者
Author: pcw94121 时间: 3 day ago

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-11-20 12:18
6-31+G那个+是弥散函数，6-31G*的*是极化函数，不是一个概念也不能混淆、写错。推荐读一读
基组入门资料 ...

感谢科普！！！

作者
Author: pcw94121 时间: 3 day ago

zjxitcc 发表于 2024-11-20 12:29
我求求你不要再自己创造基组了。再次强调，先仔细阅读3L和4L推荐的博文。

好的，我确实不会，下次有机会去参加基础培训。感谢指导！！！

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