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标题: 【已解决】分子进行位置限制后，同一个top文件，em正常，nvt报错 [打印本页]

作者
Author: sdf 时间: 4 day ago
标题: 【已解决】分子进行位置限制后，同一个top文件，em正常，nvt报错
本帖最后由 sdf 于 2024-11-20 09:53 编辑

请问各位大神，我在模拟气体团簇吸附，原本想着对2000个同样的氮气分子组成的团簇进行位置限制，因此我对模型结构文件water.gro通过以下命令进行处理：对2000个氮气分子建立索引进行位置限制

gmx make_ndx -f water.gro -o N_.ndx

gmx genrestr -f water.gro -n N_.ndx -oposre.itp -fc 1000 1000 1000

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随后我对其进行能量优化

gmx grompp -f minim.mdp -c water.gro -p top.top -o em.tpr

gmx mdrun -v -deffnm em

通过以上命令，正确生成em.gro等文件，随后使用nvt.mdp进行nvt模拟，命令如下

gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p top.top -o nvt.tpr

这个时候他报错了，报错如下，说是posre.itp位置限制的问题。

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但是我能量优化和nvt模拟，用的是同一个top.top文件呀，为啥能量优化可以进行，nvt模拟不可以进行呀。

模拟过程所用文件在附件，求各位大神指点，不知道问题出在哪里了，卡好久了。

补充：为了验证是否为能量结构文件em.gro没有进行位置限制导致的报错，我又通过以下命令对em.gro中的氮气分子重新建立索引进行位置限制，top文件也进行了相应修改，但是还是同一个报错了，请问这个是啥问题呀

gmx make_ndx -f em.gro -o N_1.ndx

gmx genrestr -f em.gro -n N1_.ndx -oposre_1.itp -fc 1000 1000 1000

gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p top.top -o nvt.tpr

作者
Author: Seyilaxa 时间: 3 day ago
对氮气分子的两个原子建立限制就行了，[ position_restraints ] 针对的是[moleculetype]写的

作者
Author: sdf 时间: 3 day ago
谢谢大神提醒，是我想错陷入死循环啦

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