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标题: 对于边缘冻结CA的团簇酶催化模型，找不同过渡态，中间体，能移动之前冻结原子吗？ [打印本页]

作者
Author: zep 时间: 2024-11-20 00:52
标题: 对于边缘冻结CA的团簇酶催化模型，找不同过渡态，中间体，能移动之前冻结原子吗？
当计算的机制好几步时候，下一步可以稍微移动上一步得到结构的冻结的CA原子，继续进行下一步的几何优化或过渡态搜索吗？可能有点呆问题，希望各位老师指教

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-20 05:34
真实的反应过程中被人为固定的原子的位置不可能一直精确固定不变，而且如果你用QM/MM或ONIOM(QM/MM)而不做人为固定的话，对应冻结位点的alpha碳该自发移动也会自发移动。所以适当手动移动并无必然问题，做法得当、说得通就行。

作者
Author: zep 时间: 2024-11-20 09:45

sobereva 发表于 2024-11-20 05:34
真实的反应过程中被人为固定的原子的位置不可能一直精确固定不变，而且如果你用QM/MM或ONIOM(QM/MM)而不做 ...

好的老师感谢回答，我用的是您推荐QM团簇模型研究的，应该也是类似道理吧

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-20 11:45

zep 发表于 2024-11-20 09:45
好的老师感谢回答，我用的是您推荐QM团簇模型研究的，应该也是类似道理吧

是

作者
Author: zep 时间: 2024-11-20 11:50

sobereva 发表于 2024-11-20 11:45
是

感谢社长答疑

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