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标题: 想要维持团簇结构运动过程可以形变，但是不跑散 [打印本页]

作者
Author: sdf 时间: 3 day ago
标题: 想要维持团簇结构运动过程可以形变，但是不跑散

请问各位老师同学，我是想研究氮气团簇在基底的吸附，基底为石墨表面加含氧基团，水分子充满剩余部分，其中itp文件是用sobtop生成的，如下图所示。

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原本想的在模拟过程中气体团簇可以形变还是不要跑散，达到参考文献的效果(如左图所示)，但是我现在运行结果是跑散了(如右图所示)。

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请问各位老师同学，这个情况我应该怎么处理，或者我应该添加什么条件，才能达到我想要的效果呀(就如同上图左参考文献的效果)？感谢各位老师同学答疑。

作者
Author: sobereva 时间: 3 day ago
仔细看原文的计算细节，弄清楚文中用的什么力场
诸如N2都有专门的参数可用，如TraPPE-small力场，不适合sobtop等通用的拓扑文件产生工具生成
并且仔细看原文（包括SI）了解具体模拟细节，如温度、压力、是否有限制势等等

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