计算化学公社

标题: 如何利用gromacs创建不同pH的膜环境 [打印本页]

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作者
Author: NEW12138    时间: 4 day ago
标题: 如何利用gromacs创建不同pH的膜环境


如题，想要创建不同的pH环境的膜盒子（暂定是纯膜），在charmm-gui里面可以直接加实验配置PBS所需的相关的离子，但是有个疑问是缓冲溶液一般都涉及到电离平衡，而直接charmm-gui加离子好像无法模拟这样的情形（个人理解），我也没办法判断是否创建了固定pH值的环境（有找到一个propkatraj，不过是用于蛋白质pka的判断），所以想请教各位老师，有没有什么方法能够创建不同pH环境并且判断pH值

刚刚尝试直接genion加固定数量的H和OH离子，不知道这样的方法可取吗


命令如下：
gmx genion -s ions.tpr -o ions_alkali.gro -p topol_alkali.top -nname OH -nn 20 -nq 1
gmx genion -s ions.tpr -o ions_acidic.gro -p topol_acidic.top  -pname H -np 20 -pq 1

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作者
Author: NEW12138    时间: 3 day ago
标题: 如何创建不同pH的膜环境
如题，想要创建不同的pH环境的膜盒子（暂定是纯膜），在charmm-gui里面可以直接加实验配置PBS所需的相关的离子，但是有个疑问是缓冲溶液一般都涉及到电离平衡，而直接charmm-gui加离子好像无法模拟这样的情形（个人理解），我也没办法判断是否创建了固定pH值的环境（有找到一个propkatraj，不过是用于蛋白质pka的判断），所以想请教各位老师，有没有什么方法能够创建不同pH环境并且判断pH值

有尝试直接gromacs里genion加固定数量的H和OH离子，不知道这样的方法可取吗（我的盒子体积是345.6 nm3，加入20个OH-，自己算pH大概为14，对应加20个H+，pH大概为2。这样来对应不同pH环境）

命令如下：
gmx genion -s ions.tpr -o ions_alkali.gro -p topol_alkali.top -nname OH -nn 20 -nq 1
gmx genion -s ions.tpr -o ions_acidic.gro -p topol_acidic.top  -pname H -np 20 -pq 1

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