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标题: 求助：VMD的分子动力学运动轨迹如何观察，如何判断运动轨迹是否合理？ [打印本页]

作者
Author: MRchu 时间: 3 day ago
标题: 求助：VMD的分子动力学运动轨迹如何观察，如何判断运动轨迹是否合理？
本初学者在cp2k中6000°下模拟了C4F7N/CO2体系的电、热裂解，此前进行了几何优化，用的PBE+DZVP-MOLOPT-SR-GTH基组进行分子动力学模拟，电场0.0001，加了色散矫正，中途用VMD观察其裂解过程，但不清楚VMD中的运动轨迹该如何观察，我的运动轨迹是否是合理的，是只通过观察键长的断裂来判断嘛？关于成、断键的判断我此前已拜读社长的帖子，但我此前跑过该体系4000步的分子动力学，观察到在整个过程中，似乎各分子仍然以原本的拓扑结构（或者说是相对位置？）重复着键的断和合，似乎并没有和周围的其他分子进行化学反应，甚至似乎从不和CO2分子发生反应，这种现象正常吗？恳请各位老师不吝赐教

作者
Author: sobereva 时间: 前天 05:25
个别分子已经出现了热解，如index 97原子的键已经彻底断了。

跑的时间太短，这么短时间CO2和C4F7N都来不及充分碰撞、发生可能的反应。

并且监控温度，弄清楚现在温度多高了。

输入文件本身没明显问题

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