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标题: 原子电荷为0、高温600K和超分子约束fix restrain bond下的Bond atoms missing问题 [打印本页]

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Author: JCenter 时间: yesterday 16:29
标题: 原子电荷为0、高温600K和超分子约束fix restrain bond下的Bond atoms missing问题
请加下大家：
我使用模拟聚合构建构建交联聚合物。横向对比中，超分子复合物被视为单体结构。聚合过程中，其中需要跑基于lammps程序的MD（NVT），使用的gaff力场，原子电荷未添加（准备在交联聚合物形成后，再补resp2（0.5）电荷，进行弛豫）。MD过程中，温度为600k，为了防止无静电作用的超分子复合物跑开，我对每个超分子，通过fix restrain bond,对两者间能形成氢键的1个原子对施加约束。体系中，我对500个原子对设置了同样的约束。在MD过程中，出现报错：Bond atoms 29293 29314 missing on proc.........我猜测的原因大概率是：高温下，原子的速度快，动能大；而约束位置处的力常数又比较大，导致体系不稳定。因此，我尝试了以下：
1.去掉所有约束，----正常结束任务
2.将时间步长从1fs降至0.5fs,约束存在------同样类型的报错
3.时间步长不变（0.5fs）,约束的力常数从400降至100 kcal/mol----同样类型的报错
4.我先从300K跑5000步升温至600K，然后在600K下跑，给原子开始时增加300K下的随机速度，约束存在---同样类型的报错
我能想到的策略都用过了，无法解决该问题，向论坛中的大神们请教有啥可以解决的策略

作者
Author: 喵星大佬 时间: yesterday 20:31
先不用mpi并行跑

作者
Author: JCenter 时间: yesterday 23:05

喵星大佬发表于 2024-11-23 20:31
先不用mpi并行跑

这个我之前也尝试了，报错

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