计算化学公社

标题: 有机分子结晶归簇问题 [打印本页]

作者
Author: jiushizhege 时间: 2024-11-24 22:21
标题: 有机分子结晶归簇问题
各位老师，我在做结晶成核的分子动力学模拟的时候，想采用clustsize命令统计一下成簇的分子数，为了防止溶剂对簇的干扰想把溶剂去掉再分析，应该怎样才能去掉呢？还有就是按照原子归簇时，需要提供索引文件，选择的组是指簇中所需选组的数目吗？
(, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-25 07:35
用gmx clustsize时提供索引文件，选择溶质的组就完了。索引文件用gmx make_ndx创建

作者
Author: jiushizhege 时间: 2024-11-25 14:23

sobereva 发表于 2024-11-25 07:35
用gmx clustsize时提供索引文件，选择溶质的组就完了。索引文件用gmx make_ndx创建

十分谢谢老师，还有一个问题需要请教就是，gmx clustsize时提供索引文件然后计算，请问选择创建索引文件是不是只能选择原子归簇而不能选择分子归簇呢？选择的组代表的什么意思呢？比如我的组选择A（图）并且原子距离选择默认，这个意思是在选择的A组里面只要原子之间小于3.5埃就默认成簇嘛？还是在所有体系中原子之间小于3.5埃的簇中包含A组的呢？十分叨扰乱老师
(, 下载次数 Times of downloads: 10)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-25 22:17

jiushizhege 发表于 2024-11-25 14:23
十分谢谢老师，还有一个问题需要请教就是，gmx clustsize时提供索引文件然后计算，请问选择创建索引文件 ...

A组里面只要原子之间小于3.5埃就默认成簇

按分子归簇用-mol，help里写明了

作者
Author: jiushizhege 时间: 2024-11-28 13:33

sobereva 发表于 2024-11-25 22:17
A组里面只要原子之间小于3.5埃就默认成簇

按分子归簇用-mol，help里写明了

老师请问我想看某个组里面的分子之间的归簇情况我该怎么设置呢，我想使用-mol进行分子归簇发现不能选组
(, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-28 17:09

jiushizhege 发表于 2024-11-28 13:33
老师请问我想看某个组里面的分子之间的归簇情况我该怎么设置呢，我想使用-mol进行分子归簇发现不能选组
...

轨迹和tpr里去掉其它部分

作者
Author: jiushizhege 时间: 2024-11-28 18:46

sobereva 发表于 2024-11-28 17:09
轨迹和tpr里去掉其它部分

老师不好意思还要麻烦您。我通过使用 gmx trjconv 中的“gmx trjconv -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -n index.ndx -o AB.xtc -pbc whole”指令将A,B组的轨迹提取出来了但是tpr该怎么提取呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-28 18:55

jiushizhege 发表于 2024-11-28 18:46
老师不好意思还要麻烦您。我通过使用 gmx trjconv 中的“gmx trjconv -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -n i ...

重新用grompp生成

作者
Author: jiushizhege 时间: 2024-11-28 19:03

sobereva 发表于 2024-11-28 18:55
重新用grompp生成

老师不好意思因为刚开始学不太明白，重新生成的指令为“gmx grompp -f md_0_1.mdp -c AB.gro -p AB.top -o AB.tpr”，这样重新生成的过程中，会不会因为没有溶剂了而改变了分子之间的相互作用，导致最后跟原来有溶剂的结果有区别呀

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)