计算化学公社

标题: 小白求助各位老师，amber联合orca做QM/MM只能单核跑 [打印本页]

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作者
Author: jyxsdj    时间: 2024-11-25 15:44
标题: 小白求助各位老师，amber联合orca做QM/MM只能单核跑


各位老师好，我最近学习amber24联合orca5.0.4进行QM/MM模拟，机器用的opMPI4.1.1，电脑配置为r9-7950x ，64g内存，测试了几个氨基酸的小体系（10来个原子），我使用B3LYP和STO-3G能成功使用多核跑起来，但是用B3LYP和def-svp无法进行下去，有如下提示：
Segmentation fault (core dumped)
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run；
然后我用另一个大概140原子体系去测试，使用sto-3g和def-svp均不行，出现另一个问题：

ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 2  /home/xun/software/orca504/orca_gtoint_mpi orc_job.int.tmp orc_job
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run

此时，切换为单核运行，就可以一直运行下去。请问大家，是不是因为机器配置不够用？

我刚才又翻帖子找到了：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... hlight=amber%2Borca，请各位老师一起看看，是不是所说的amber的sander要用单线程，留给orca用多线程？

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作者
Author: mizu-bai    时间: 2024-11-25 15:47
ORCA 的 MPI 有没有问题？

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作者
Author: jyxsdj    时间: 2024-11-25 15:48

mizu-bai 发表于 2024-11-25 15:47
ORCA 的 MPI 有没有问题？

老师，我跑小体系10原子测试的时候，可以多核跑起来的，单独用oca多核跑也是没问题的

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作者
Author: Huschein    时间: 2024-11-26 07:57
注意amber编译和orca的openmp版本，10 atoms可以可能是因为体系很大，而10个atoms很少，分在一个线程，可能没出什么事，但是大体系就出事可能就是因为原子线程分配问题，个人猜测尤其是orca回传force给amber的时候出了问题，先检查是否是openmp的问题

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作者
Author: jyxsdj    时间: 2024-11-26 14:22

Huschein 发表于 2024-11-26 07:57
注意amber编译和orca的openmp版本，10 atoms可以可能是因为体系很大，而10个atoms很少，分在一个线程，可能 ...

好的，谢谢您，我再其他电脑再试试！

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